Мир после пермского вымирания пребывал в запустении, и не только на суше. В морях вымирание было столь же разрушительным. Как и на земле, массовая гибель видов в морях пермского периода радикальным образом сменила планы эволюции. Возможно, наиболее красноречивое свидетельство суровости процесса вымирания обнаружено в западной части Соединённых Штатов, в красноватых толщах породы, отложившейся в мелководных морях после вымирания. Такие тёплые и освещённые солнцем участки морского дна сегодня являются местами, где образуются богатые сообщества организмов, живущих над песчаным дном, на самом дне и в толще песка под поверхностью. Поскольку североамериканский материк располагался дальше к югу 250 миллионов лет назад, мелководные районы его западных оконечностей находились в экваториальных широтах и до великого массового вымирания они были домом для богатых и разнообразных коралловых рифов – как и сейчас, они были одними из самых разнообразных местообитаний на Земле. Сразу после вымирания эти те же самые географические участки были настоящей биологической пустыней, лишённые всякой жизни, кроме отдельных редких беспозвоночных и позвоночных. Самыми обычными организмами были строматолиты, слоистые водоросли, которые почти исчезли на Земле более 500 миллионов лет назад по одной простой причине: по мере развития растительноядных животных такие слоистые растительные маты не смогли выжить в условиях непрерывного поедания, что и привело к такому результату. Однако после вымирания строматолиты вернулись, что является поводом предположить, что большинство морей осталось без своего обычного ассортимента растительноядных животных. Моря, как и суша, оставались бедными жизнью на протяжении нескольких миллионов лет. Старый порядок пошёл прахом; мир зверообразных рептилий и трилобитов, островершинных архаичных деревьев и хищников-горгонопсид рухнул, и его сменил мир динозавров и сосен, а в конце концов цветковых растений и роющих двустворчатых моллюсков и костистых рыб в море.
В конечном счёте, мезозойская биота развилась из пермского праха, а затем также была сражена вторым крупным массовым вымиранием. По всему земному шару, в каждой экосистеме перемены в фауне были изумительными – в той же степени, как это случилось ранее во время пермского вымирания. Аммониты и легионы их раковинных головоногих родичей исчезли из морей, и их заменили костные рыбы и головоногие моллюски нового типа – каракатицы. Рифы того времени вымерли, а когда они постепенно восстановились, их образовали организмы-рифостроители совершенно иных типов. Перемены на суше известны гораздо лучше: полное вымирание динозавров позволило появиться многим группам млекопитающих, которые мы видим сегодня. И подобно более раннему пермскому событию, чудовищная катастрофа, завершившая мезозой, сопровождалась захватом господствующего положения эволюционными династиями, весьма отличными от тех, которые занимали это положение раньше. Урок из этих двух крупных массовых вымираний выглядит очевидным: вымирание приводит к эволюционному новшеству. Но всегда ли так бывает, и единственный ли это, или даже самый важный ли это урок, который следует усвоить на примере таких глобальных катастроф прошлого?
Так получилось, что эти два массовых вымирания были открыты случайно. В восемнадцатом и девятнадцатом веках назрела потребность выработать какой-либо способ определения возраста горных пород на поверхности Земли. К началу 1800-х годов европейские и американские геологи стали использовать ископаемые остатки как основание для деления осадочных пород Земли на крупные отрезки времени. Поступая таким образом, они совершили неожиданное открытие: они обнаружили в породах интервалы, характеризующиеся резкой сменой состава окаменелостей. Надеясь найти способ калибрования возраста горных пород, они обнаружили средства калибрования разнообразия жизни на Земле. И они обнаружили временные отрезки биотической катастрофы, которые были названы массовыми вымираниями.
Два самых крупных массовых вымирания – те, о которых говорилось выше – были настолько масштабными, что английский натуралист Джон Филипс использовал их, чтобы подразделить стратиграфическую летопись – и историю жизни, которую она содержит – на три крупных отрезка времени. Палеозойская эра, или время «древней жизни», продолжалась с первого появления скелетной жизни 530 миллионов лет назад, пока не завершилась гигантским пермским вымиранием 250 миллионов лет назад. Мезозойская эра, или время «средней жизни», началась сразу после пермского вымирания и завершилась мел-палеогеновым вымиранием 65 миллионов лет назад. Кайнозойская эра, или время «новой жизни», тянется с того последнего крупного массового вымирания до наших дней. Во время работы Филипса, в середине девятнадцатого века, представление о том, что вид мог вымереть, было всё ещё слишком новым, и его осознание того, что не только единичные виды, а большинство видов могло вымереть и вымирало в течение короткого отрезка времени, было радикальным для его времени.