В это время, в конце 1773 г., Пугачев не только расширял границы восстания и отражал наступление правительственных войск, но и стремился поднять свой «царский» авторитет, а также лучше организовать повстанческую армию и все возглавляемое им движение.
Как уже говорилось, ставка Пугачева находилась в пяти верстах от Оренбурга, в слободе Берда, которую он назвал «Новой Москвой». На крыльце и вокруг дома, в котором он жил, постоянно стоял караул из 25 яицких казаков, которых называли «гвардией». В доме висел портрет великого князя Павла Петровича, и Пугачев широко распространял слухи о своих сношениях с ним, как «сыном» и наследником престола. Он присвоил некоторым своим сподвижникам имена и звания царских сановников. Так, Чика-Зарубин стал именоваться «графом Иваном Никифоровичем Чернышевым». Пугачев имел печать с надписью: «Большая государственная печать Петра III, императора и самодержца Всероссийского». Он учредил свой орден — восьмигранный крест из латуни с надписью: «Царь Петр Федорович жалует тебя крестом, бородой и волей казацкой. 1773 г.», которым награждал наиболее отличившихся сподвижников. Все это делалось Пугачевым для того, чтобы поддержать молву о своем царском происхождении и иллюзии широких масс о «хорошем» царе, способном облегчить положение народа.
В то же время вся эта внешняя «обрядность» отвечала стремлению Пугачева и его окружения придать своему движению более организованный характер, установить определенный порядок и дисциплину на охваченной восстанием территории. С этой целью ими предпринимались и другие, более конкретные меры. Так, в ноябре 1773 г. была создана «Государственная военная коллегия», которая стала центральным органом власти восставших. Она была организована по образцу официальных коллегий и состояла из четырех судей, секретаря, думного дьяка, четырех повытчиков и переводчиков, должности которых занимали казаки и горнозаводские рабочие. Коллегия занималась вопросами комплектования и снабжения армии, руководила повстанческими отрядами, составляла указы и манифесты, осуществляла суд и защиту населения от незаконных действий некоторых повстанцев, назначала командиров.
Главная армия повстанцев, стоявшая под Оренбургом, начала перестраиваться на регулярный манер. Во главе ее был поставлен общевойсковой атаман, которым назначили Андрея Овчинникова, а начальником артиллерии сделали Федора Чумакова. Войска делились на полки, а последние — на сотни и десятки. Полки формировались по признаку сословной принадлежности (полк заводских крестьян, полк яицких казаков и др.) или национальному признаку (полк башкир и др.). Полками командовали полковники, более мелкими подразделениями — есаулы (сотники) и хорунжии. Командиры назначались, как правило, из той же социальной среды или национальности, к которой принадлежало и большинство членов части. В войсках проводилось обучение военному делу (стрельба, штыковой бой, рубка). Но, конечно, меры, которые Пугачев и его соратники предпринимали для устройства своей армии, не могли создать правильной военной организации. Особенно неблагополучно в этом отношении обстояло дело на периферии, где основной военной единицей были отряды, как правило, стихийно возникшие и самого разнообразного характера по составу и численности. Иногда несколькими отрядами на той или иной территории командовали атаманы, которые присылались из ставки Пугачева или выдвигались из местного населения. Но в целом элементы организации, дисциплины и порядка в крестьянской войне 1773–1775 гг. наблюдались в значительно большей мере, чем во всех предшествовавших крестьянских войнах.
В то время как главная армия Пугачева вела осаду Оренбурга, движение распространилось на огромную территорию от Волги до Урала и от оренбургских степей до Камы.
Восстанием был охвачен почти весь горнозаводской Урал. В феврале 1774 г. большая часть предприятий района, 92 завода, находилась уже в руках восставших. Заводские работные люди частью оставались на месте и изготовляли для Пугачева оружие, другие уходили в повстанческие отряды, третьи, прежде всего приписные крестьяне, возвращались в свои села и деревни. Здесь особенно успешно действовал бывший рабочий Осокинского завода, отставной канонир Иван Наумович Белобородов. Он получил звание атамана и возглавил повстанческие силы на среднем Урале, осадив Екатеринбург. В этом районе также активно проводили боевые операции отряды Ивана Грязнова, овладевшего Челябинском, и Ивана Кузнецова.
Движение распространилось на всю Башкирию. Тут действовали десятки отрядов, которые возглавляли Канзафар Усаев, Кинзя Арасланов и др. Особо отличался смелостью Салават Юлаев, взявший Красноуфимск. Сюда на помощь и для общего руководства движением был послан Чика-Зарубин, и в декабре он уже осадил Уфу.