Особенным ожесточением отличалась война в Италии. Здесь соседние города, стоя один — за гвельфов, другой — за гибеллинов, нападают друг на друга, грабят и убивают с той неукротимой ненавистью, которую воспитали в них целые века зависти и соперничества. На севере побочный сын Фридриха II — Энцио и зять Фридриха, Эццелино Романо — стараются утопить гвельфскую лигу в крови; другой побочный сын императора Фридрих Антиохийский действует против нее в Тоскане. В 1247 г., в ту самую минуту, когда Фридрих хочет двинуться к Лиону, чтобы овладеть папой, Парма изменяет гибеллинам. Фридрих блокирует ее и, взбешенный ее сопротивлением, твердо решившись не выпускать ее из рук, основывает напротив Пармы новый город Витторию. В феврале 1248 г. жители Пармы, сделав смелую вылазку, нападают на Витторию, поджигают ее и овладевают казной Фридриха, его короной и гаремом. В числе убитых был и верный слуга императора, Фаддей Суэсский. В своем любимом Сицилийском королевстве Фридрих со свирепой энергией преследует легатов и монахов, которые по поручению папы волнуют население и подготавливают восстание против императора. Он игнорирует здесь Иннокентия IV, принуждая духовенство справлять богослужение вопреки интердикту. Именно к этому времени относятся те неясные фразы и письма, которые заставляют предполагать, что он мечтал о роли главы преобразованной церкви. Доведенный до бешенства и отчаяния, он заподозривает в измене своего ближайшего советника Петра Винейского, которому он слепо доверял, который был его правой рукой в политических делах и которого придворные, перешептываясь, называли апостолом мессии-императора. Он был обвинен в том, что дал папе подкупить себя и пытался отравить императора, хотя еще и теперь невозможно установить, действительно ли он был виновен. Ему выкололи глаза и, чтобы избежать новых мучений, он разбил себе голову. Данте, который, тем не менее, поместил его в ад, не мог поверить измене того, кто, по его выражению, «владел обоими ключами к сердцу Фридриха». «Клянусь, — говорит у него Петр Винейский, — что я никогда не изменял моему господину, столь достойному уважения. И если кто-нибудь из вас вернется на землю, пусть он восстановит мою память, поверженную в прах его ударом». Любимый сын императора, красавец Энцио, был разбит и взят в плен болонцами при Фоссальте (май 1249 г.); только смерть, постигшая его в 1272 г., положила конец тому заточению. Не падая духом, Фридрих из Южной Италии снова пошел в Ломбардию, но 13 декабря 1250 г. скончался в замке Фиорентино близ Лючеры. «Так кончил жизнь, — говорит Матвей Парижский, — величайший из земных государей, изумивший и взволновавший мир; перед смертью с него было снято отлучение; на него надели мантию одного цистерцианского монаха, и умер он, как передают, в сокрушении и раскаянии». Напротив, папский биограф изображает его в последние минуты скрежещущим зубами и испускающим вопли. Но спокойствие, с которым он делал распоряжения о своем наследстве, опровергает эту клевету.