К тому времени в Прибалтике активизировали свою деятельность фашистские организации. Из Прибалтики поступили сведения о том, что под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта» 15 июня фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Трудно сказать, насколько была реальной угроза путча или провокационного фарса, который бы помог правителям Прибалтики обратиться за помощью к Гитлеру, не дожидаясь осени 1940 года, но, вероятно, советские руководители расценивали эти сообщения в контексте международной обстановки.
В день, когда немецкие войска вступили в Париж, и за день до предполагавшегося фашистского путча в Прибалтике 14 июня 1940 года Советское правительство предъявило правительству Литвы ультиматум, требуя немедленного сформирования нового правительства, которое было бы способно «обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора». СССР требовал немедленного обеспечения свободного пропуска «на территорию Литвы советских воинских частей для размещения в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».
Схожие требования были предъявлены 16 июня 1940 года правительствам Латвии и Эстонии. В Таллин. Ригу и Вильнюс были направлены правительственные советские делегации во главе с А. Ждановым, А. Вышинским и В. Деканозовым, которые потребовали изменить состав правительств прибалтийских стран. Одновременно 15-17 июня началось вступление новых контингентов советских войск на территорию Эстонии, Латвии и Литвы. Благодаря тому, что правительства трех прибалтийских государств не стати чинить препятствий советским войскам, вступление Красной армии проходило без осложнений. Во многих городах Прибалтики население тепло встречало советские войска.
В то же время под видом помощи вступающим советским войскам эстонская полиция разгоняла митинги солидарности с СССР и арестовывала ораторов, выступавших с приветствиями в адрес Красной армии. В Каунасе и в Риге полиция стреляла по людям, приветствовавшим советские войска. При этом в Риге было ранено 29 человек, из них двое скончались. Однако советские войска не препятствовали действиям местной полиции, а Жданов запрашивал Москву: «Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства». Лишь получив сообщения о расстрелах в Риге и арестах в Таллине, Молотов телеграммой от 20 июня ответил Жданову: «Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту».
Тем временем Деканозов, Вышинский и Жданов были заняты ведением переговоров о сформировании просоветских правительств. Хотя местные коммунисты настаивали на сформировании таких правительств из членов своих партий и их союзников, эмиссары Сталина не поддерживали этих предложений. В новом правительстве Эстонии во главе с И. Варесом преобладали социалисты и беспартийные, но коммунистов не было. По настоянию Деканозова в правительство Литвы, которое сформировал В. Креве-Мицкевичус, вошел и министр финансов Э. Галанаускас, занимавший тот же пост при режиме Сметоны. Единственный коммунист в новом литовском кабинете занял пост министра внутренних дел. Лишь в результате своих настойчивых просьб коммунисты Латвии, во главе которых встал освобожденный из тюрьмы Я. Калнберзин, добились включения четырех членов своей партии в новое латвийское правительство, которое возглавил беспартийный А. Кирхенштейн. В то же время президенты Латвии и Эстонии Ульманис и Пятс сохраняли свои посты. Лишь президент Литвы Сметона эмигрировал в Германию.
Новые правительства пользовались широкой поддержкой населения Прибалтики. Комиссия АН Эстонской ССР в своем докладе 1989 года, цель которого состояла в том, чтобы обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии по различным причинам приветствовала новое правительство по различным причинам: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».