В 1942 году генерал-лейтенант Китцингер докладывал Гитлеру, что только на Украине умирает 4300 пленных в день. В письме Розенберга Кейтелю от 28 февраля 1942 года, приведенном на Нюрнбергском процессе, говорилось, что большая часть советских военнопленных «умерла от голода или погибла от суровых климатических условий. Тысячи также умерли от сыпного тифа. Начальники лагерей запретили гражданскому населению передавать заключенным пищу, они предпочитают обрекать их на голодную смерть. Во многих случаях, когда военнопленные не могли больше идти от голода и истощения, их расстреливали на глазах охваченного ужасом населения, а тела их не убирали. Во многих лагерях пленным вообще не предоставляли никакого жилища, они лежали под открытым небом во время дождя и снегопада. Им даже не давали инструментов для того, чтобы вырыть ямы или пещеры». Перечисляя эти факты, Розенберг не вспоминал о том, что за два дня до нападения на СССР он заявил: «Мы не берем на себя никакого обязательства по поводу того, чтобы кормить русский народ продуктами из этих областей изобилия». Миллионы советских военнопленных и гражданских лиц были заморены голодом или убиты охранниками в Уманской яме и многих подобных лагерях.
В первые же дни после оккупации Каунаса немцы вместе с литовскими коллаборационистами стали сгонять советских военнопленных и мирных жителей в городской форт № 9. В материалах Нюрнбергского процесса говорилось: «Все, кто попадал в форт № 9, в живых не оставались. Колоннами в несколько тысяч человек гитлеровцы гнали сюда женщин, детей, подростков, мужчин и стариков на расстрел и сжигание… Гитлеровцы уничтожили в форте № 9 более 70 тысяч мирных жителей».
Еврейские погромы и облавы на сторонников советской власти стали проводиться с первых же дней оккупации трех прибалтийских республик. Вскоре Прибалтика покрылась сетью тюрем, концентрационных лагерей, а многие леса стали местами массовых расстрелов. За время оккупации на территории Эстонии было убито более 61 тысячи мирных жителей (многие были вывезены из других областей СССР и других стран Западной Европы) и 64 тысячи советских военнопленных. В Латвии было уничтожено 600 тысяч мирных жителей и советских военнопленных, в том числе более 100 тысяч граждан Латвии. В Литве было уничтожено около 700 тысяч человек, в том числе 229 тысяч советских военнопленных, около 370 тысяч жителей Литвы и около 100 тысяч людей, вывезенных из других республик СССР и других оккупированных государств Европы. Республики, общее население которых составляло 5,7 миллиона человек, стали местом уничтожения 1425 тысяч человек. Во всех прибалтийских республиках из общего числа 250 тысяч евреев уцелело лишь 10 тысяч.
Главным методом уничтожения людей в лагерях служил голод. Но голодом морили и тех, кто оставался вне тюрем и лагерей. Как и везде в оккупированной Европе, гитлеровцы посадили большую часть населения Прибалтики на голодный паек. Продукты, выдаваемые по карточками, лишь на одну треть удовлетворяли потребность людей в пище. Эстонскому рабочему, например, полагалось ежедневно 243 грамма хлеба, 19 граммов жиров, 5 граммов сахара, 100 граммов соленой рыбы. Часто сахар и жиры заменялись эрзацами.
Хозяйство Прибалтики подверглось чудовищному разграблению. Уже в 1941 году гитлеровцы забрали у эстонского крестьянства около 2/3 валового сбора ржи. В 1944 году оккупанты планировали изъять у эстонских крестьян 366 тысяч свиней, хотя все поголовье к этому времени составляло около 250 тысяч. В Германию вывозились также сельскохозяйственная техника и промышленное оборудование.
Из Прибалтики на принудительные работы в Германию было направлено 126 тысяч рабочих. Мисиунас и Таагепера писали: «Из документов германских архивов следует, что стратегическая цель нацистского руководства состояла в том, чтобы присоединить балтийский регион к рейху, изгнать две трети его населения и постепенно перемешать остаток с германскими иммигрантами… Любимый вариант 1941 года министра по восточным территориям Альфреда Розенберга сводился к тому, чтобы увеличить территории Прибалтийских республик в два раза за счет России и Белоруссии, а затем депортировать большинство прибалтов во вновь присоединенные районы… Генеральный план «Ост» Г. Гиммлера предусматривал депортацию почти 50 % эстонцев, всех латгальцев, более 50 % латышей, 85 % литовцев. Оставшаяся часть оценивались в 1942 году Антропологической комиссией рейха расово нордической (а поэтому достойной германизации)». Выселяемые эстонцы, например, должны были быть расселены на побережье Белого моря от устья Онеги до устья Северной Двины.
Но еще до реализации этих планов оккупанты объявили о превращении Эстонии, Латвии и Литвы в «генеральные округа рейхскомиссариата Остланд». Официальным языком делопроизводства во всех учреждениях стал немецкий. От служащих требовали, чтобы они говорили только по-немецки.