Все энциклопедии были иллюстрированы и, без сомнения, имели своей целью показать растения в их естественной форме и цвете, но, поскольку многие из их составителей всего лишь копировали древние манускрипты, изображения растений все меньше и меньше напоминали оригиналы. Помимо этого, растения часто изображались вместе с насекомыми или животными, чьим укусам они якобы служили противоядием. Например, каштан помещали рядом со змеей или скорпионом, а растение мандрагоры изображалось в виде фигурки человека, иногда женщины, но чаще – мужчины. Книга о лекарствах, изготовленных из животных компонентов, часто включала в себя энциклопедию растений. В этих книгах помещались стилизованные изображения животных с рекомендациями по использованию лекарства, сделанного из них. Там содержались не только лекарства и лосьоны, сделанные не только из различных органов, но и из экскрементов животных.
Наиболее научный подход к изучению животных существовал на Сицилии при дворе Фридриха II (1212–1250). Этот молодой человек был также правителем Германии, однако воспитан он был на Сицилии, которую предпочитал своей северной родине. Сицилия, которая поочередно находилась под игом мусульман, скандинавов и германцев, была местом встречи арабской, греческой и северной культур. Фридрих живо интересовался животными и птицами – особенно соколами, собранными в питомнике, который везде путешествовал вместе с ним, даже через Альпы в Германию. Султан Египта прислал его в подарок жирафа – первого, которого увидели в средневековой Европе. Он везде вызывал живейший интерес и восторг. Леопарды, пантеры, ястребы и соколы использовались императором во время охоты. Фридрих написал и собственной рукой проиллюстрировал книгу об «Искусстве охоты и разведении соколов». Его рисунки птиц удивительно правдоподобны; они ярко раскрашены и точны в деталях и, совершенно очевидно, являются результатом долгих и тщательных наблюдений. Та же самая оригинальность видна и в тексте книги. Если Фридрих цитирует Аристотеля, то чаще для того, чтобы поспорить с ним. Когда он дает информацию, почерпнутую из другого источника, то этим источником является зарубежный специалист, приглашенный ко двору императором. Фридрих никогда не делал утверждений, не проверив их экспериментальным путем. Он пригласил в Апулию знатоков из Египта, чтобы изучить возможность высиживания яиц с помощью солнечного тепла. Из-за этого нежелания принимать на веру какие бы то ни было утверждения, а также из-за того, что он фиксировал факты только после долгих наблюдений, книга Фридриха по праву считалась предвестником позднейших трудов по научной зоологии.
Император приглашал ко двору многих известных ученых. Среди них был Майкл Скотт, который специально для императора кратко изложил содержание труда Авиценны «О животных». Майкл также написал книги по астрологии, физиогномике и метеорологии, в то время как гений математики, Леонард из Пизы, написал для Фридриха «Труд об абаке».
Сицилийский король Роджер, дед Фридриха, также интересовался научными проблемами, но в основном его привлекала география. Не удовлетворенный содержанием книг арабских авторов, он призвал ко двору знаменитых путешественников, чтобы те рассказали о своих странствиях. Его удовлетворили только те факты, которые подтверждались несколькими рассказами, и именно их по его просьбе зафиксировал арабский ученый Эдриси в 1154 году. Результаты этих исследований были выгравированы на серебряной карте. В X веке мусульмане впервые вошли на землю Африки к югу от Сахары, но только в XII веке христиане познакомились с цивилизацией внутренней части континента.
Рамон Лалл (род. в 1315/16 г.), миссионер с Майорки, написал самый ранний отчет свидетеля о путешествии христианина через Сахару. Этот человек, посланец кардинала, «собрал караван из 6000 верблюдов, груженных солью. Караван отправился из города Тибалберта туда, где Нил берет свое начало. Там жило так много людей, что весь запас соли был распродан за 15 дней. Эти люди были черными и поклонялись идолам. На земле есть остров на большом озере, где живет змей, которому приносят жертвы… и люди с изумлением уставились на посланника, потому что он был белый и христианин и потому что они никогда не видели здесь христиан».
Исследования внутренних регионов Африки продолжались после этого путешествия, но даже в XVI веке коренных африканцев называли «людьми с лицами, зубами и хвостами, как у собак».
Одно из первых морских путешествий христиан вдоль западного побережья Африки, о котором остались записи, было предпринято испанским странствующим монахом-францисканцем в 1380 году. Его товарищами были мавры, и они достигли берега Сьерра-Леоне, а также упомянули в своих отчетах остров Шубро. Карта мира 1450 года, судя по всему, была составлена на основе информации, доставленной этим монахом. Другие средневековые карты свидетельствуют о других путешествиях внутрь этого континента и вдоль его побережья.