Были университеты, открытые для распространения томизма – системы Фомы Аквинского. Труды Фомы Аквинского, такие как «Сумма богословия», были революцией в способе изложения материала: раньше «суммами» назывались конспекты, а теперь это было развернутое сочинение с аргументами и инструментами на все случаи жизни. Так был создан, например, по представлению Жана IV Брабанта, герцога Бургундского, университет в Лувене (нынешний бельгийский Лёвен) в 1425 г., просуществовавший без перерыва до Великой французской революции. Профессором медицины в Лувенском университете был Фризиус (1508–1555), создатель точных глобусов и астрономических инструментов, учитель знаменитого английского мага и алхимика Джона Ди. Этот университет был центром янсенизма, аскетического движения, к которому принадлежал философ Блез Паскаль (1623–1662).
Некоторые университеты были основаны прямо в революционной буре, как, скажем, Лейденский университет, созданный в 1575 году Вильгельмом Оранским, предводителем Нидерландской буржуазной революции. Лейденский университет стал в XVII веке центром реформаторского богословия, и так как это богословие надо было отстаивать, то был налажен выпуск защищаемых в университете диссертаций – так появилась издательская фирма Эльзевиров. Эльзевиры потом перебрались в Амстердам, отчасти из-за того, что оттуда легче было переправлять в католическую Европу запрещенные папской цензурой книги, от протестантских трактатов до комедий. Те из этих книг, которые нужно было доставить во Францию, публиковались с ложным указанием «Кёльн. Издатель Пьер Марто», как будто они изданы в католическом мире.
В странах Европы, где не сложилось системы университетских корпораций, имеющих поддержку городских коммун, монашеских орденов и всей церковной системы в рамках действующего канонического права, а не личных начинаний отдельных епископов, высшее образование складывалось иначе. Православный мир, от Валахии до Московии и от литовско-белорусских земель до греческих общин передней Азии и Грузии, равно как Армения, Эфиопия и другие страны восточной христианской традиции, создали альтернативу университетам. Для учебных заведений этого мира было важно, не в каком правовом поле они существуют, но каким риторическим способом они себя позиционируют, отстаивая и тем самым право на существование. Ритуалы сравнения себя с учебными заведениями древности и других стран, снискание благоволения государя и города заменяли им правовые основания независимости.
В греческом мире под турецким игом было два способа создать университет: скопировать итальянскую модель, например Падуанского университета, где училось множество греков, или создать свой вариант академии как места, где осваивают самые сложные курсы философии и богословия. Второй вариант преобладал в славянских землях, так как позволял лучше контролировать эти заведения и превращать их в экспертно- административную службу при государственном или церковном аппарате. Тогда как греки могли еще равняться на школу великой церкви в Константинополе, задачи которой были растворены в задачах церковного управления: учиться в этой школе означало учиться быть чиновником или церковным ритором, а не приобретать знания, которые потом можно применять в разных местах.
В 1622 году в Риме была создана Конгрегация пропаганды веры, одной из целей которой стало печатание догматических книг на всех языках, включая восточные, а равно как и создание униатских церквей со своими учебными заведениями. В греческом мире этому проекту Рима противостояли с большим трудом: ведь нужно было и создавать не менее привлекательную интеллектуальную программу, и доказывать непрерывность греческой философии и богословия от Платона. Вся тяжесть создания новых учебных планов легла на плечи одного человека: Феофила Коридаллевса (1574?—1646), который реформировал патриаршью школу, а впоследствии создал академию в Бухаресте для детей греческой диаспоры, и потому даже иногда считается «отцом румынской философии».