Лиссабонский договор также предусматривал сокращение количества еврокомиссаров до 34. Согласно положениям Лиссабонского договора общее число членов Комиссии с 1 ноября 2014 г. должно составлять 2
/3 от количества государств-членов (19 человек для ЕС в составе 28 стран), включая Председателя Комиссии и Высокого представителя по внешней политике и политике безопасности. При этом между государствами-членами должна производиться строго равноправная ротация в отношении присутствия их граждан в Комиссии (в порядке, установленном Европейским советом). Вместе с тем Лиссабонский договор сохранил за Европейским советом право поступить иначе (т. е. назначить большее количество еврокомиссаров), при условии что указанное решение будет принято единогласно Европейским советом, т. е. с согласия всех государств-членов. До 1 ноября 2014 года Лиссабонский договор 2007 г. устанавливал переходный период, в течение которого Комиссия должна была формироваться в составе 28 человек (включая Председателя и Высокого представителя по внешней политике и политике безопасности) – по одному от каждого государства – участника ЕС, каждого кандидата рекомендует правительство его страны.Включение указанной оговорки и переходного периода в текст Лиссабонского договора 2007 г. было обусловлено нежеланием некоторых государств-членов расставаться с традиционной возможностью назначать «своего» еврокомиссара и возникшими в этой связи сложностями с ратификацией Европейской конституции 2004 г. и Лиссабонского договора 2007 г. В частности, безоговорочное сокращение численности еврокомиссаров стало одной из причин провала референдума по вопросу ратификации Лиссабонского договора в Ирландии в 2008 году. В ходе проведения повторного референдума в Ирландии в 2009 году политическими лидерами государств – участников ЕС было обещано, что данное решение будет принято.
В ноябре 2009 г. состав Комиссии был сформирован в количестве 27 человек в соответствии с положениями Ниццкого договора. В силу ст. 5 Протокола о переходных положениях указанная комиссия сохранила свои полномочия после вступления в силу Лиссабонского договора (1 декабря 2009 года). В ноябре 2014 года к работе приступил новый состав Комиссии в составе 28 человек во главе с Жаном-Клодом Юнкером.
Срок полномочий Комиссии – пять лет.
1) Европейский совет с учетом расстановки политических сил в Европарламенте по итогам состоявшихся в него выборов выдвигает кандидата на пост Председателя Комиссии (квалицифицированным большинством) и назначает Высокого представителя ЕС по внешней политике и политике безопасности;
2) кандидат на должность Председателя Комиссии избирается Европарламентом (большинством);
3) Совет ЕС по общему согласию с Председателем Комиссии утверждают коллегию еврокомиссаров, в составе, предложенном государствами – участниками ЕС с учетом полномочий («портфелей»), распределенных между ними Председателем Комиссии. Каждое государство отбирает по одному кандидату на должность еврокомиссара, кроме тех государств, гражданами которых являются Председатель Комиссии и Высокий представитель ЕС по внешней политике и политике безопасности. Председатель Комиссии распределяет портфели (определяет полномочия) в коллегии между отобранными кандидатами;
4) Европарламент (квалифицированным большинством) одобряет состав Комиссии в целом (т. е. коллегию в составе определенных лиц с определенными полномочиями). Парламент проводит слушания по каждому кандидату, но на голосование ставится весь состав Комиссии. Поэтому в случае недовольства евродепутатов каким-либо кандидатом вся Комиссия может оказаться под угрозой, если председатель не перераспределит полномочия или государство, номинировавшее непонравившегося кандидата, не предложит другую кандидатуру;
5) Комиссия проходит формальное назначение в Европейском совете (квалифицированным большинством).