Говоря об управлении огромным хозяйством, каким являлась Советская Россия, Ф.Э.Дзержинский подчеркивал необходимость его централизованного управления, обязательности решений вышестоящих органов для нижестоящих, высокой государственной дисциплины. По его мнению, общее направление работы на местах должны давать центральные органы через систему центрального планирования, они же должны осуществлять контроль за деятельностью местных органов. Он считал также недопустимым самоуправное расширение производства отдельных отраслей без запланированного финансового обеспечения. Например, в письме И. В. Косиору, стоявшему во главе Грознефти (Государственного объединения грозненской нефтяной промышленности), Дзержинский писал, что Грознефть, Азнефть (Государственное объединение азербайджанской нефтяной промышленности) «слишком оторваны от всего нашего остального народного хозяйства и представляют самостоятельные, слишком замкнутые царства», и как ни велика роль нефти, но возведение Грознефтью чрезмерных капитальных построек, проведение 100 верст железнодорожных путей, увеличение заработной платы на 30 % «чрезмерны, если исходить из общей нашей нужды» (3. Т. 2. С. 15–16).
Выступая на расширенном совещании Президиума ВСНХ СССР с представителями ВСНХ союзных республик, ЦСНХ, промбюро и областных совнархозов в декабре 1924 г., Ф. Э. Дзержинский сказал: «…Я
Вместе с тем Ф. Э. Дзержинский последовательно отстаивал принцип демократии, указывал, что система управления не может функционировать только лишь на основе приказов сверху, нужно также доверять массам. «Для того, чтобы наш центральный аппарат действовал с точностью часового механизма, — говорил он, — места должны иметь право возвышать голос и возражать, если они находят, что работа идет не так, как следует, и если вместо организации вносится дезорганизация; нельзя так слепо думать, что все, что исходит из центра, хорошо» (3. Т. 2. С. 13).
Непосредственные работники на местах должны иметь указания центрального руководства, но для того, чтобы выработать эти руководства, дать эти указания, должна быть, по мнению Ф. Э. Дзержинского, учтена «практика мест, их работа, их инициатива» (3. Т. 2. С. 93).
Ф. Э. Дзержинский писал, что «бюрократический централизм обанкротился уже давно. Без поддержки, помощи и дружественного отношения местных властей работы нет… Надо выработать такой порядок, чтобы наши решения были согласовываемы с местами и местными властями» (16.1977. № 11. С. 114). Он дал право уполномоченным наркомпути лично обращаться к нему и его заместителю, если приказ сверху не соответствует местным условиям и возникла необходимость действовать не точно по приказу, а как подсказывает жизнь. Эта необходимость и возможность проявления инициативы на местах были тем более необходимы, что в начале 20-х годов на транспорте создалось угрожающее положение. За время войны было уничтожено около 80 % железнодорожных путей, свыше 4 тыс. железнодорожных мостов, значительная часть подвижного состава. Это вносило хаос и дезорганизацию во всю экономическую жизнь страны. В эти тяжелые дни по карте прослеживался путь каждого вагона точно так, как следили за военными действиями на фронтах (цит. по: 39. С. 308). Тем не менее местная инициатива рассматривалась председателем ВСНХ как важнейший компонент хозяйствования даже в таких экстремальных условиях.
Важным методом планирования Ф. Э. Дзержинский считал его научность, реализацию ленинских указаний о необходимости учитывать в планировании политические, социальные и технико-организационные условия. Но он был противником схоластического, оторванного от жизни планирования. «Если вы думаете, — говорил он, — что мы можем коммунизм ввести, если будем сидеть в кабинете, обложимся книгами и составим идеальный план, а потом уже этот план будем проводить, то мы знаем наверняка, что мы с таким планом провалимся…» (3. Т. 2. С. 186).