Ф. Э. Дзержинскому пришлось отстаивать свою позицию в отношении синдикатов в полемике с газетой «Экономическая жизнь» — органом СТО. Газета обвиняла ВСНХ в том, что он против регулирования и планирования, что у него неправильный уклон в сторону стихии рынка. На самом деле газета защищала позицию Каменева, отстаивавшего линию воинствующего бюрократизма в управлении промышленностью под прикрытием планового хозяйства. Предметом полемики был вопрос, нужно ли Наркомторгу спускать на места жесткие планы сбыта товаров или синдикаты, хорошо знающие положение дел и работающие на хозрасчете, будут сами принимать участие в работе по регулированию рынка. Выступив в торговой комиссии, Дзержинский подверг критике «жесткие заказы», показав, что они выражают бюрократические, а не плановые начала в хозяйствовании и приносят пользу частникам и спекулянтам, дезорганизуя торговлю и создавая дефицит товаров (16. 1983. № 13. С. 118).
Учитывая важную роль синдикатов в распределении, он выдвигал задачу организации двух синдикатов: по металлообработке и по черной металлургии для того, чтобы была возможность наблюдать за распределением металлоизделий, которые не должны попадать к посреднику (частнику), подрывать союз рабочих и крестьян высокими ценами.
Как и государственные учреждения, синдикаты, полагал Ф. Э. Дзержинский, должны наблюдать за рыночными ценами, оперативно вмешиваться в торговлю для понижения розничных цен. Вместе с тем синдикаты не должны превращаться в единственных монополистов, защищающих прежде всего ведомства в ущерб интересам союза рабочих и крестьян, интересам социалистической промышленности. Так, в 1923 г. он выступал против конвенции металлосиндикатов, взвинчивающих цены на свои изделия, и даже требовал их упразднения.
Встав во главе ВСНХ, Ф. Э. Дзержинский организовал деятельность синдикатов как представителей государства по снижению цен, обеспечению рентабельности социалистической промышленности, считая, что синдикаты должны управлять не только торговлей, но и производством. Он готовил создание Всесоюзного металлосиндиката (был создан решением СТО в мае 1926 г), выступал за организацию Всесоюзного совета синдикатов, который бы завершил создание общепромышленной синдикатной системы. Начатая Ф. Э. Дзержинским борьба за новые формы организации производства и управления завершилась в 1929 г., когда вышло в свет постановление ЦК ВКП(б) «О реорганизации управления промышленностью», предусматривавшее замену главков объединениями, создаваемыми на основе синдикатов, сочетание общего контроля и руководства вышестоящих органов с самостоятельностью и оперативностью отраслей промышленности, инициативой руководителей в принятии хозяйственных решений.
Реорганизация управления ВСНХ, проведенная по инициативе Ф. Э. Дзержинского в июне 1926 г., предусматривала сосредоточение функций планирования, регулирования и оперативного управления отраслями промышленности в соответствующих главных управлениях и комитетах ВСНХ. Вопросы перспективного и текущего планирования промышленности были возложены на планово-экономическое управление ВСНХ. Под руководством Ф. Э Дзержинского плановые органы ВСНХ приступили к составлению сводного плана всей промышленности, что явилось следующим этапом составления производственных и финансовых планов отдельных отраслей с последующим утверждением их в Госплане СССР (13. № 17. С. 19).
Огромное значение Ф. Э. Дзержинский придавал участию в управлении народным хозяйством широких рабочих масс, считая, что ни одна наша плановая задача не может быть решена без их поддержки. Он требовал, чтобы хозяйственники обращались к рабочим за помощью в организации производства и управления, и чем больше будет эта помощь, чем больше мы будем опираться на широкие массы, тем легче мы выполним задачи, стоящие перед нами (3. Т. 2. С. 289).
Ф. Э. Дзержинский считал, что любому хозяйственнику необходимо умение заинтересовать рабочих, побудить их к сознательному участию в производстве, дать возможность коллективного творчества, поиска путей улучшения, удешевления и расширения производства, не требуя из государственного бюджета лишних средств, а изыскивая их у себя на предприятии и передавая их в госбюджет для обороны страны, для культурных потребностей, для управления.
Хозяйственники должны быть компетентными людьми, досконально знать состояние порученного им дела (уровень производительности труда на производстве, его издержки, цены на продукцию), уметь сравнивать результаты современного уровня производства с довоенным, а не перепоручать это своему аппарату. Он высказывал важную мысль о том, что для руководителя «смотреть глазами своего аппарата — это гибель…» (3. Т. 2 С. 16). Он ценил мнение о работе центрального аппарата ВСНХ, высказываемое работниками предприятий на местах.