За три года партизанской войны Эрнесто Гевара сильно изменился: он отрастил бороду; был назначен майором (команданте), что являлось высшим званием в повстанческой армии; и командиром четвертой, а затем восьмой колонны; был дважды ранен в боях и получил кличку Че, которую сегодня знает весь мир. Во главе восьмой колонны Че, несмотря на вооруженное сопротивление правительственных войск, прошел половину острова и образовал второй фронт в горах Эскамбрая. Первого января 1959 года войска под руководством Че взяли штурмом Санта-Клару – последний крупный город на пути к Гаване, освободив путь к ней повстанческим войскам. Второго января колонна Че вошла в столицу Кубы. Генерал Батиста тогда же бежал из страны.
Что касается прозвища Че, то так Гевару прозвали кубинцы, потому что он часто употреблял это междометие. В Аргентине все постоянно произносили «че», оно ничего не значит, а кубинцам оно показалось оригинальным, и они стали звать его Че Гевара.
Гевара любил шутить, что у него, как у кошки, 7 жизней, и после того как поправился после второго ранения, послал родителям письмо: «Дорогие старики! Самочувствие отличное. Израсходовал две, осталось пять. Однако уповайте, чтобы Бог был аргентинцем. Крепко обнимаю вас всех, Тэтэ». Письмо пришло к ним незадолго до победы партизан, а еще неделю спустя Гевара отправил за своими родителями самолет, на котором они смогли прилететь на Кубу. Они не видели своего сына и почти ничего не слышали о нем с тех пор, как он вступил в отряд Кастро. Встреча Эрнесто с родителями состоялась в аэропорту и прошла очень тепло. Селия неожиданно расплакалась, и Че Гевара с удивлением понял, что он видит ее слезы впервые.
О своей жене, оставленной в Мехико, Гевара и не вспоминал. Еще во время войны он встретил Алейду Марч, которая так сильно влюбилась в него, что даже записалась в партизанский отряд, чтобы не расставаться с Геварой. Эрнесто написал Ильде письмо, в котором сообщал, что между ними все кончено и что он женился на другой. Ильда отнеслась к этому вполне спокойно и даже не препятствовала дочери поехать на Кубу к своему отцу, когда тот пригласил ее. Алейда Марч тоже родила Эрнесто детей. Одну из дочерей он назвал Селией, в честь бабушки.
Через несколько дней после победы революции Че Гевара принимал у себя Сальвадора Альенде, будущего президента Чили, который находился на Кубе проездом и захотел познакомиться с Че. Вот как Альенде вспоминал об этой встрече: «В большом помещении, приспособленном под спальню, где всюду виднелись книги, на походной раскладушке лежал голый по пояс человек в зелено-оливковых штанах, с пронзительным взглядом и ингалятором в руке. Жестом он просил меня подождать, пока справится с сильным приступом астмы. В течение нескольких минут я наблюдал за ним и видел лихорадочный блеск его глаз. Передо мной лежал скошенный жестоким недугом один из великих борцов Америки. Он без рисовки мне сказал, что на всем протяжении повстанческой войны астма не давала ему покоя».
После окончания войны Фидель Кастро стал премьер-министром революционного правительства Республики Куба. А еще несколько дней спустя он издал декрет, согласно которому Эрнесто Че Гевара был провозглашен «гражданином Кубы с правами урожденного кубинца». А еще 4 месяца спустя состоялось его бракосочетание с Алейдой Марч (до этого они жили в гражданском браке).
После этого Че Гевара на некоторое время остепенился и забыл о войнах. Кастро очень ценил его, просил помочь кубинскому правительству завоевать авторитет в мире и часто назначал его главой различных дипломатических делегаций. Так, в 1959 году Че Гевара по поручению кубинского правительства посетил Египет, Судан, Пакистан, Индию, Бирму, Индонезию, Цейлон, Японию, Марокко, Югославию и Испанию. В следующем году во главе экономической миссии он ездил в Чехословакию, ГДР, КНР и КНДР. Еще год спустя он представлял страну на конференции Межамериканского экономического совета в Пунта-дель-Эсте (Уругвай) и т. д. Немало Че Гевара поездил по Африке. В то время многие страны этого континента продолжали бороться за независимость, и он стал свидетелем той борьбы.
Несколько раз Че Гевара посещал Советский Союз. В первый раз он приехал сюда в 1960 году, затем в 1964 году, когда он прибыл во главе кубинской делегации на празднование очередной годовщины Великой Октябрьской социалистической революции и выступал в Доме дружбы на собрании Общества советско-кубинской дружбы и т. д.
Таким образом, он по поручению правительства Кастро активно занимался налаживанием связей с социалистическими странами и со странами так называемого третьего мира, делал все для того, чтобы упрочить положение Кубы на мировой арене, и особенно укреплял дипломатические отношения с Аргентиной и Бразилией.
Кроме того, Че Гевара последовательно занимал должности начальника Департамента промышленности Национального института аграрной реформы; директора Национального банка; министра промышленности и по совместительству члена Центрального совета планирования. Че Гевара подписал экономическое соглашение с СССР.