Самый сильный удар был нанесен националистами по монастырям, которые всегда были главными оплотами веры. В Киеве от царской армии осталось много оборудованных казарм, но специально обработанных во время пребывания в плену в духе ненависти к каноническому православию «синежупанников» разместили в Киево-Печерской лавре и Михайловском Златоверхом монастыре, где они начали терроризировать монашествующих и осквернять святыни.
В более широких масштабах этот первый в Европе опыт был позднее использован только нацистами. Только в Австрии после аншлюса гестаповцы ликвидировали более 1000 монастырей. В январе 1941 г. шеф партийной канцелярии НСДАП Мартин Борман разрешил гауляйтерам без согласования с Берлином закрывать монастыри и конфисковывать их собственность, а попытки сопротивления насельников жестко подавлять.
В контексте этого курса следует рассматривать и незаконное решение Ющенко о передаче комплекса Киево-Печерской лавры в госсобственность. Таким образом, монастырь становится полностью зависимым от благосклонности власть предержащих, и появляется дополнительный рычаг давления на УПЦ с целью склонения к неканонической автокефалии. В духе тоталитарной традиции не возвращается верующим и Святая София, как и Лавра, унизительно именующаяся «заповедником».
В 1941 г. Ганс Кох также специально указывал, что, учитывая статус Святой Софии как национальной святыни, большевистская конфискация отменена быть не может. Уже после оккупации Украины результатом намерений нацистов уничтожить сакральные центры традиционных религий стал взрыв лаврского Успенского собора, безосновательно приписываемый подпольщикам.
Немецкие историки Хейер и Вейзе в фундаментальном исследовании религиозной политики в оккупированной Украине приводят (в том числе со ссылкой на руководителей киевского отделения абвера) данные, что взрыв был организован начальником полиции и войск СС на Юге России обергруппенфюрером СС Прютц-маном. Приказ Прютцману отдали Борман и рейхскомиссар Украины Эрих Кох, преследуя цель разрушения сакрального центра Украины. Особенно показательно мнение руководящих сотрудников рейхскомиссариата, что партийной канцелярией НСДАП вместо него планировалось создать новый — сакральный оплот арийского духа на завоеванной земле.
Националисты первыми ввели в практику, когда еще даже большевики придерживались внешней законности в отношениях с церковью, террор против высших церковных иерархов. В январе 1918 г. убийство митрополита Киевского Владимира совершили уголовники или полууголовники. Но ответственность за него, что и было подтверждено в том же году решением собора, должны разделить националисты, сделавшие темных, «не ведавших, что творят», людей орудием своих замыслов.
При пользовавшемся огромным авторитетом владыке было бы невозможно превратить церковь в придаток аппарата националистической пропаганды, чего добивалась созданная властями Всеукраинская православная церковная рада. Руководитель ВПЦР, изгнанный паствой Владимирской епархии за угодничество перед Распутиным, архиепископ Алексий сколотил в Лавре группу церковных карьеристов, готовых на все ради устранения митрополита. Именно они рассказали пришедшим грабителям про «несметные сокровища» и «контрреволюционность» владыки, что и предопределило страшную смерть первого новомученика XX века.
Следствие, начатое еще при Центральной Раде, явно не хотело найти убийц, которые сразу бы рассказали, кто направил их в митрополичью резиденцию. Между тем, не представляло трудности раскрыть злодеяние — один из преступников в разговоре с монахами сообщил более чем достаточно своих установочных данных. Значительно легче все было списывать на анонимных муравьевских матросов. Только передача дела гетманским следователям позволила его найти и арестовать еще в 1918-м. И оказался задержанный вовсе не суровым балтийским «братишкой», а крестьянином из Полтавской губернии. Однако привлечь виновных к суду не удалось — в результате мятежа власть захватила Директория, благополучно закрывшая следственное производство.
В дальнейшем уже гестапо воспользовалось опытом устранения высших иерархов чужими руками. По его заданию в 1943 г. бандеровскими террористами были убиты глава канонической Украинской автономной церкви митрополит Алексий и епископ Владимир-Волынский Мануил, антифашистская позиция которых не являлась секретом.
Не менее дико для цивилизованного мира выглядел и арест в декабре 1918 г. австрийскими наемниками Коновальца, игравшими при Центральной Раде и Директории роль янычарской гвардии, преемника замученного владыки Владимира — митрополита Антония и архиепископа Житомирского Евлогия. От расстрела иерархов спасло только вмешательство французского военного командования, пригрозившего Директории полным разрывом отношений.