Её муж, теперь уже принц-консорт Франсиско, сам был не прочь завести фаворитку и к факту появления фаворита у жены вначале отнёсся довольно спокойно, но то, что при дворе, в кругу высшей знати, королева отдавала явное предпочтение своему фавориту Серрано, а к нему, её супругу, проявляла пренебрежительное отношение и выставляла напоказ его мужские слабости, его, конечно, не устраивало. Потерпев непродолжительное время, Франсиско весной 1847 года взбунтовался: он отказался сопровождать королеву с её фаворитом в Аранхауэсскую резиденцию и, всем своим видом показывая обиду и неудовольствие, покинул Мадрид, обосновавшись в одном из своих замков. Такое поведение принца-консорта наглядно показывало и слабость его ума, и отсутствие должного воспитания.
Этот семейный скандал, совершенно не достойный королевской четы, мог отразиться на политической обстановке страны, показав народу нестабильность королевской власти, отсутствие королевского достоинства и выдержки как у короля, так и у королевы. Кризис монархической власти вызвал беспокойство и со стороны правительства, и со стороны католической церкви. Мария-Христина, мать королевы, сама грешная в фаворитизме, объединив свои силы с силами правительства и папского нунция, сумела уговорить Изабеллу примириться с супругом Серрано, фаворит королевы Изабеллы II, был достойно вознаграждён за счёт королевской казны, получил высокий военный чин и был переведён на службу в Гранаду. Принц-консорт Франсиско вернулся в Мадрид так торжественно, как будто одержал победу над врагом, хотя Изабелла ничуть не изменила своих принципов: нескрываемого влечения к фаворитам-любовникам и презрения к своему мужу. Королева Изабелла по-прежнему открыто появлялась повсюду со своими фаворитами и любовниками, которых довольно часто меняла. Но шли годы, она обзаводилась детьми, полнела, и в зависимости от этого менялся контингент её фаворитов-любовников. Пока она была молода и прекрасна, её фаворитами или даже просто любовниками были красивые, статные молодые люди из числа придворных кавалеров или офицерского состава её армии, слетавшиеся к ней в надежде с её помощью получить материальную поддержку и сделать политическую или военную карьеру. Но с течением времени и по мере изменения её внешности Изабелла II стала отдавать предпочтение более солидным людям, чаще всего политическим деятелям, в основном из числа «умеренных».
Как государственный деятель, королева Изабелла II не играла какой-нибудь значительной роли, но чтила конституционные нормы и подчинялась политическому направлению своего правительства, за что в народе пользовалась большой популярностью. Изабелла считала, что её любят за то, что она с материнской заботливостью печётся о благоденствии испанского народа. Но вскоре ей пришлось разочароваться в своём представлении о любви к ней народа. В 1852 году священник Мартин Марио совершил на неё покушение в то время, когда она на руках с годовалой дочерью шла в церковь. Это произвело на королеву такое тяжёлое впечатление, что она стала искать защиты у клерикально-абсолютистской партии с монархическим направлением, которая стремилась уничтожить конституцию. Окруженная членами этой партии: своим духовником Кларетом, монахиней Патроцинией и очередным своим фаворитом Марфори, получившим, будучи дворцовым интендантом, доступ к делам управления, — Изабелла оказалась в центре политических баталий и интриг, приведших к ряду местных восстаний, а затем к революции 1854 года, которую с целью реставрации правления Бурбонов возглавил некий О'Доннел. Эта революция не добилась смены династии, но серьёзно повлияла на развитие кризиса монархии и отразилась на активизации борьбы политических партий и возникновении народных бунтов.
(В России в 1853–1856 гг. шла Крымская война. Несмотря на героические подвиги российских воинов: победу над турецким флотом в сражении при Синопе вице-адмирала П.С. Нахимова; победу русской армии над турками под Карсом и другие победы, в России начался кризис императорской власти Николая I. В марте 1854 года Англия и Франция, вступившие в войну на стороне Турции, предъявили России ультиматум с требованием о немедленном выводе русских войск из дунайских княжеств, в апреле 1854 года английские корабли обстреляли Соловецкие острова в Балтийском море, а в августе того же года английские войска захватили на Балтике Аландские острова. В сентябре 1854 года союзническая армия Англии, Франции, Швейцарии высадилась в Крыму, началась героическая оборона Севастополя, в ходе которой на Малаховом кургане в октябре 1854 года погиб командующий обороной Севастополя вице-адмирал ВА Корнилов. Через три с половиной месяца, 18 февраля 1855 года, в Санкт-Петербурге скоропостижно скончался император Николай I. Есть предположения, что он покончил с собой ввиду таких позорных для России событий.)