Для Павла Аракчеев был незаменим: он помог провести ряд мероприятий, которые помогли модернизировать организацию артиллерии и всей русской армии, причем в средствах для достижения этих целей не стеснялся, чем снискал себе нелестную славу. «Знаю, что меня многие не любят, потому что я крут, – говорил генерал, – да что делать?» Говорят, что перед самой смертью Павел в очередной раз сменил гнев на милость, отозвав Аракчеева из ссылки, однако тот был задержан на въезде в Петербург по распоряжению самого графа Палена и не успел спасти своего патрона от неминуемого покушения. Также ходили слухи, что Павел буквально «завещал» Аракчеева престолонаследнику Александру.
Император Александр I по молодости и наивности поначалу немного посмеивался над Аракчеевым, чуточку презирал его, но потом обнаружил, что просто не может без него обходиться. В 1803 г. назначенный инспектором всей артиллерии генерал Аракчеев активно внедрял новую ее организацию и развивал систему ее снабжения. Эти нововведения весьма пригодились в военной кампании 1805 г., когда он сумел моментально наладить доставку в армию артиллерийских боеприпасов. После той кампании он сосредоточил свое внимание на подготовке артиллерийских кадров и даже составил «Наставление батарейным командирам», пригодившееся в совершенствовании тактики русской артиллерии в дальнейших сражениях начала ХIХ в.
В 1808 – 1810 гг. военный министр Аракчеев принимал деятельное участие в проведении военных реформ, что укрепило русскую армию в подготовке к Отечественной войне 1812 г. Особенные перемены были заметны именно в артиллерии, которая была выделена в отдельный род войск, составленный из рот и бригад; введена система экзаменов, учебных занятий и боевых стрельб, отрегулирована материальная часть, создан научно-технический отдел при артиллерийском управлении, начато издание «Артиллерийского журнала». Однако и тщеславие не было чуждо кристально честному Аракчееву. Так, разобиженный на то, то создание Государственного совета состоялось без всякого его участия, он в январе 1810 г. отпросился с поста военного министра, объясняя свой демарш тем, что время-де требует «более просвещенных министров». Усовестивившись, император назначил верного Алексея Андреевича в Государственный совет председателем департамента военных дел.
Во время Отечественной войны 1812 г. генералу Аракчееву дел хватало: он постоянно занимался вопросами подготовки резервов для армии и снабжения ее продовольствием. Когда император в декабре 1812 г. собрался выехать к армии, он взял с собою Аракчеева и уже не отпускал его от себя до окончания военных действий в Европе. По окончании военной кампании 1812 г. Александр I даже вознамерился присвоить любимому верноподданному звание генерал-фельдмаршала, но Аракчеев скромно отказался, посчитав такую честь для себя слишком высокой.
Почему-то основным деянием генерала Аракчеева принято считать пресловутые военные поселения, возникшие после войны 1812 г. Крепостное ярмо, удесятеренное тяжестью солдатчины и казарменной регламентацией быта, явилось для солдат-победителей воистину «царской милостью». Ибо автором этого «ужаса аракчеевщины» был никак не Алексей Андреевич, а его патрон – император Александр I, который любил появляться в имении Аракчеева Грузине без предупреждения – как снег на голову. И каждый раз поражался необыкновенному, своеобразно гигиеническому порядку, царившему на улице села. Все в Грузине было выстроено по немецкому порядку: вылизанные двухэтажные домики на две семьи, чудесно выметенные дороги, никаких пьяных или бездельников на улице. И император загорелся благой, как ему казалось, идеей солдатских поселений. Суть их сводилась к тому, чтобы солдаты не только несли службу, но и занимались земледелием. И все это по приказу: когда пахать, когда сеять, когда фрунтовой и всякой другой военной подготовкой заниматься… Аракчеев, исключительно при помощи палок да побоев наводивший идеальный порядок в своей вотчине, моментально понял всю тщету и бесполезность царских мечтаний. Но, будучи ревностным служакой, не привыкшим обсуждать приказы начальства, тут же взялся за дело. В Новгородской губернии возникли требуемые военные поселения, чтобы государь имел возможность полюбоваться на сбывшуюся свою мечту. В реальности несчастным крестьянам в солдатской форме строго предписывалось все на свете: не только как и когда заниматься земледелием, но даже сколько и каких горшков иметь в доме, как и куда их ставить. Не мудрено, что солдат-пахарь вскоре волком взвыл от такой царской «милости». Одно за другим последовали крестьянские выступления, которые жестоко подавлялись.