Он начал искать выход из этой затруднительной ситуации, значительно увеличив подготовку новобранцев. Призывники прибывали на Дальневосточный фронт даже из столицы Советского Союза. Непосредственно в своем военном округе генерал отдал приказ призывать в армию даже мужчин 50 – 55 лет, т. е. практически всех, кто мог держать оружие. Он имел право на такой приказ, так как по условиям военного времени именно в его руках была сосредоточена вся полнота власти в прилегающих областях и его распоряжениям вынуждены были подчиняться руководящие работники всех уровней, в том числе секретари обкомов и крайкомов. С помощью партийных работников Апанасенко сумел наладить на Дальневосточном фронте собственное военное производство. Учебные винтовки стали переделывать в боевые, производился ремонт орудий, начался выпуск минометов, мин, снарядов, прочих боеприпасов, радиостанций. Кроме того, был создан необходимый парк автотранспорта, создавались конные корпуса. Апанасенко отправил некоторых своих подчиненных в гулаговские лагеря Колымы и Дальнего Востока с целью найти там офицеров, подвергшихся репрессиям в 1937 – 1938 гг., и вернуть их в строй. Со стороны начальников лагерей и руководства НКВД это вызывало массу протестов.
На Дальнем Востоке еще при Блюхере была образована целая система «военных совхозов». При Апанасенко она была значительно расширена, благодаря чему оказалось возможным решить вопрос нормального снабжения войск продовольствием. В этих совхозах наряду с гражданскими трудились и военные.
Зимой 1941 – 1942 гг. Япония не развязала агрессию против Советского Союза, но это было связано не только с тем, что японские войска были задействованы на других фронтах, ведь Квантунская армия продолжала увеличивать свою численность. Планировалось, что она начнет активные действия после того, как германские войска сумеют одержать решающие победы в сражениях на западе, а также при условии значительного сокращения численности Советской армии на Дальневосточном фронте с 30 до 15 дивизий, а военной техники – на две трети. Однако никакого видимого сокращения численности войск не происходило, хотя, по данным фашистской разведки, дивизии, переброшенные с Дальнего Востока, уже вели бои на западе Советского Союза. Данные японских разведчиков противоречили германским сведениям, так как из их донесений следовало, что все советские дивизии продолжают находиться на своих местах, проводя постоянные учения. После окончания войны были обнаружены многие документы, которые свидетельствовали о подготовке Квантунской армии ко вторжению на территорию СССР; кроме того, в них содержались планы дальнейшего освоения захваченных земель. К примеру, в документе под названием «План управления территориями в сфере сопроцветания Великой Восточной Азии», который был создан военным министерством Японии совместно с министерством колоний в 1942 г., отмечалось: «Приморье должно быть присоединено к Японии, районы, прилегающие к Маньчжурской империи, должны быть включены в сферу влияния этой страны, а Транссибирская железная дорога должна быть отдана под полный контроль Японии и Германии, причем Омск будет пунктом разграничения между ними».
В ходе осени и зимы 1941 г. германское командование ни разу не обратилось к Японии за помощью в борьбе с советскими войсками. Однако уже год спустя, осенью 1942 г., Германия была крайне заинтересована в прямой поддержке ее Квантунской армией. Согласно немецким данным на Дальневосточном фронте у Советского Союза не должно было остаться ни одного боеспособного соединения. К тому времени Германия уже развязала войну с Соединенными Штатами, топя их корабли на всех морях, однако Япония этого не делала, так как американские корабли шли в дальневосточные порты под советскими флагами. Согласно данным японской разведки группировка войск, дислоцировавшихся на Дальневосточном фронте, не только не стала слабее, но и значительно усилилась.