В ходе начавшейся борьбы, опасаясь интриг против малолетнего царевича, Никита Юрьев и его сторонники отправили Дмитрия с матерью и ее родственниками Нагими в их вотчину Углич. Следующими шагами в борьбе против остававшихся при дворе сторонников Дмитрия стали искоренение их и ссылки по ничтожным поводам. Так, какое-то случайное высказывание, направленное против Бельского, послужило поводом к почетной его ссылке воеводой в Нижний Новгород. Укрепление положения Годуновых еще не стало отрицательно сказываться на влиянии фаворита, и хотя Борис был уже осыпан милостями, получил звания конюшего, ближнего великого боярина и наместника царств Казанского и Астраханского, в ведении боярина Никиты все еще оставались земли по реке Волге и в московских уездах, различные казенные сборы, и его голос по-прежнему был в числе решающих в Боярской думе. Но понемногу позиции Юрьева стали слабеть, причем не без помощи клана Годуновых. Летом 1584 г. фаворит опасно заболел, а в следующем году скончался от неизвестной хвори. Некоторые исследователи подозревают, что Никита Юрьев был отравлен по поручению Бориса. Тем не менее вопреки подозрениям он доверил попечению Годунова своих детей и взял с него клятву быть в «вечной дружбе» с Романовыми. Разумеется, об этом не могло быть и речи, когда Борис выдвинулся на первый план и приобрел в государстве решающий голос. Но пока для этого время еще не пришло.
Василий (1552 – 1612) и Дмитрий (1560 – 1612) Шуйские
Старинные родословия показывают Шуйских верными слугами московских государей. Так, внук предка князей Шуйских, суздальского князя Юрия, Василий (Бледный) при московском князе Иване III был наместником во Пскове, а в 1478 – 1480 гг. – в Нижнем Новгороде. Затем он состоял начальником войска в Казанском походе 1487 г. Брат его, воевода Иван Большой (Скопа), стал родоначальником рода Скопиных-Шуйских. Старший внук Василия, боярин Иван Плетень, был выдающимся боевым воеводой. Младший брат его, Андрей, служил в Нижнем Новгороде, где согласно источникам допускал «измену». Правительница Елена Глинская по доносу заточила его в каземат, откуда он был освобожден Иваном IV и назначен боярином и псковским наместником в 1540 г. Захватив вместе со своими родственниками высшую власть, Андрей своими злоупотреблениями, разгулом и пьянством так разозлил молодого московского князя, что тот приказал затравить его собаками. Но на семью Андрея это не навлекло гибельных последствий. Напротив, его внуки Василий, будущий царь, и Дмитрий Шуйские стали фаворитами Ивана IV, а затем и его сына Федора. Фаворит царевича Федора, Василий Шуйский, с 1584 г. стал боярином. В 1587 г. он участвовал в дворцовой борьбе против Бориса Годунова и был подвергнут преследованиям. Проницательный и беспринципный, Василий Шуйский был вскоре прощен и в мае 1591 г. возглавил правительственную следственную комиссию по делу о смерти царевича Дмитрия в Угличе, объявившую причиной гибели «падучую болезнь» царевича. Ряд исследователей считают это временной уступкой со стороны Шуйского по отношению к действительным виновникам гибели Дмитрия – Годунову и Бельскому. В начале 1605 г. Василий Шуйский активно участвует в военных действиях против Лжедмитрия I, но после смерти Бориса Годунова возвращается в Москву.