1) Функции Законодательного собрания (Государственной думы), которое не должно иметь права санкционировать свои собственные постановления (это прерогатива императора), «но его мнения, совершенно свободные, должны быть точным выражением народных желаний». (Обратим внимание на явное противоречие: «совершенно свободные мнения» должны быть «точным выражением» чужого желания. Фактически предлагался не законодательный, а совещательный орган при Государе.)
2) «Члены судебного сословия» (Сената) должны свободно выбираться народом, но надзор за соблюдением судебных форм и охранение общественной безопасности должны лежать на правительстве (а следовательно, быть во власти императора).
3) Исполнительная власть должна принадлежать правительству, но, чтобы она не могла исказить или уничтожить закон, необходимо сделать правительство ответственным перед Законодательным собранием (Государственной думой), то есть перед Государем или его фаворитом (с 1815 по 1825 год — Аракчеевым).
Противоречия в постулатах, выдвинутых Сперанским, были вызваны как колебаниями самого Александра I, так и нетвёрдостью выбора Сперанского, к какой системе присоединиться: к французской или английской? А также особенностями характера Сперанского, его постоянным желанием угодить своему патрону и вельможам, презрительно называющим его «поповичем».
Всё, что сделал Сперанский, касалось прежде всего планов реформирования центрального управления государством И всё же по его проекту 1 января 1810 года был открыт преобразованный Государственный совет как совещательный орган при Государе. По плану Сперанского произошли преобразования и в министерской системе. Как известно, вместо петровских коллегий Манифестом Александра I от 8 сентября 1908 года были учреждены министерства. Однако в течение двух лет их работы выяснилось, что их устройство не позволяет им работать эффективно, потому что имеет весьма серьёзные недостатки: неправильное распределение между министерствами их функций, а также отсутствие точного определения, в чём состоят обязанности каждого министра и за что конкретно министр несёт ответственность.
В 1810 году Сперанский взялся за реорганизацию министерств, и в 1811 году была опубликована его работа «Общее учреждение министерств», в которой была подробно освещена система министерского управления и определены состав и делопроизводство министерств. Министерская система, так продуманно разработанная Сперанским, просуществовала более ста лет, вплоть до 1917 года. И многие её черты были использованы впоследствии в советской системе министерств и ведомств.
Далее Сперанский должен был заняться реформированием Сената. Но критика его работ со стороны аристократов, недовольных «поповичем», попавшим в фавориты императора, недоброжелательное (ревностное) отношение к нему Аракчеева, клевета на него Государю привели к охлаждению к нему Александра I. Особое впечатление на императора произвела поданная ему 18 марта 1811 года «Записка о древней и новой России», созданная всеми уважаемым историком, философом и писателем Н. М. Карамзиным. В ней утверждалось, что Государь даже не имеет права ограничивать свою власть из каких-либо соображений, тем более не своих, а Сперанского, потому что Россия вручила его предку, первому Романову, царю Михаилу Феодоровичу, нераздельное самодержавие, и он обязан его хранить в полной неприкосновенности. Было ясно, что Сперанский опередил своё время: ни Государь, ни граждане России, даже их передовая часть — дворянство, — не готовы были к ограничению власти монарха и либеральным взглядам на устроение государства. Но помимо недовольных политическими преобразованиями, выдвинутыми Сперанским, особое возмущение аристократии вызвали разработанные им два указа, подписанные Государем 3 апреля 1809 года: первый — о придворных званиях, получение которых становилось невозможным без какого-либо военного или гражданского чина, что заставляло дворян действительно служить отечеству; второй — о невозможности получения военного или гражданского чина без окончания университета или сдачи экзамена на чин, что повергло многих недорослей в уныние, да и маститых чиновников, потому что до этого времени для повышения чина достаточна была всего лишь выслуга лет, а для аристократов — только родство или знакомство с главой министерства, а это было, как теперь говорят, «легко»: ведь все дворяне, по меткому замечанию М. Ю. Лермонтова, — родня друг другу, а тем более титулованные дворяне. А среди своих есть незыблемый закон, сформулированный А. С. Грибоедовым в комедии «Горе от ума»: «Ну как не порадеть родному человечку!» «Попович» Сперанский к этому кругу лиц не относился и в разработке этих указов исходил из интересов государства и мнения на этот счёт Государя-императора. Но всё недовольство дворянства пало на его голову.