Но далее Меншиков, хоть и имел полную доверенность от императрицы Екатерины I, сам лично ничего предложить не мог, а потому задумал организовать себе в помощь коллегиальный орган. Идея создания такого высшего правительственного органа была тоже заимствована у Петра I. Эта идея как нельзя лучше подходила для осуществления желания Меншикова быть выше всех, быть правителем России не только по факту, но и по закону. 8 февраля 1726 года был создан Верховный тайный совет, в состав которого вошли он сам в качестве главы Совета, граф П. А. Толстой, князь Д. М. Голицын, барон А. И. Остерман, граф Ф. М. Апраксин, граф Г. И. Головкин и герцог Карл-Фридрих Голштейн Готторп, муж цесаревны Анны, зять Екатерины I. Председательствовала на этом Совете сама императрица Екатерина I. Сенат и Святейший синод вошли в подчинение Верховному тайному совету. Фактически председателем Совета, которому подчинялись Сенат, Синод и члены Верховного совета — высшие органы правления, а следовательно, первой фигурой Российской империи стал светлейший князь Александр Данилович Меншиков.
Верховный тайный совет занимался сугубо внутренними, текущими делами государства, но, продолжая осуществлять политику императора Петра I относительно науки и культуры, в 1726 году основал Харьковский научный коллегиум, на основании которого в последующее время был создан Харьковский университет. В том же году была одобрена гидрографическая экспедиция Фёдора Ивановича Соймонова на Каспий, что впоследствии позволило Соймонову издать атлас Капийского моря, имевший очень большое значение для развития промышленных промыслов на Каспийском море.
6 мая 1727 года в Санкт-Петербурге в возрасте 43 лет скончалась императрица Екатерина I.
Достоверно неизвестно, от какой болезни умерла так рано Екатерина I. Называют туберкулёз, но это, вероятнее всего, просто официальная версия. Есть свидетельства, что в марте 1727 года у неё сильно распухли ноги и опухоль быстро поднялась к самым бёдрам (тромбофлебит?). В апреле императрица уже совсем не могла ходить и слегла в постель, а 6 мая скончалась.
Александр Данилович весьма предусмотрительно организовал Верховный тайный совет. После смерти императрицы на трон мог быть избран кто угодно, но Меншиков продолжал оставаться главой Верховного тайного совета, то есть верховным правителем России.
И всё же расчёт Меншикова стать безраздельным правителем России оправдался только отчасти. Ему удалось править Россией, почти безраздельно, но недолго: сначала от имени Екатерины I, в течение чуть более полутора лет до её кончины 6 мая 1727 года, а затем от имени Петра II, да и то всего лишь несколько месяцев. После смерти Екатерины I Меншиков, оставаясь главой Верховного тайного совета, счёл необходимым укрепить свои позиции у престола, и уже 25 мая, то есть через 19 дней после смерти императрицы, сумел обручить императора Петра II со своей дочерью, княжной Марией. Но сорвалось: Пётр II Алексеевич, сын царевича Алексея Петровича, внук Петра I, подружился с молодым князем Иваном Долгоруковым, стал, ездить в имение Долгоруковых Горенки на охоту и на увеселения, а потом, по настоянию своих близких друзей Долгоруковых, вторично обручился, но уже с княжной Екатериной Алексеевной Долгоруковой. Настроенный Долгоруковыми против Меншикова, Пётр II удалил своего наставника от двора и потребовал от него вернуть все похищенные им во дворце вещи. Меньшиков пробовал сопротивляться, но 8 сентября 1727 года был арестован и сослан в его имение Раненбург (в Рязанской губернии). Все его огромные богатства были конфискованы и переданы в государственную казну.
19 января 1730 года Пётр II умер в Москве от оспы в возрасте 14 лет. Верховный тайный совет, в составе которого уже не было Меншикова, пригласил занять императорский трон Анну Иоанновну, герцогиню Курляндскую, царевну, дочь «скорбного головою» царя Иоанна V Алексиевича, брата Петра I по отцу, на условиях (кондициях), ограничивающих её власть. Анна Иоанновна воцарилась на российском престоле 25 января 1730 года. Сразу же по воцарении, 25 февраля 1730 года, она публично разорвала кондиции «верховников» и презрела их желание, чтобы в Россию не приезжал её фаворит Эрнст-Иоганн Бирон. Фаворит прибыл и стал фактическим правителем России.
Еще до своей коронации, 4 марта 1730 года, всего через месяц с небольшим после своего воцарения, Анна Иоанновна издала манифест об упразднении Верховного тайного совета.
Узнав об обручении Петра II с княжной Меншиковой, а затем с княжной Долгоруковой, что грозило претензиями на престол со стороны Меншикова и со стороны Долгоруковых, Анна Иоанновна должна была избавиться от всех претендентов на престол.
Меншиков сам неосторожно обратил её внимание на себя. После того как в Москве было найдено подмётное письмо в пользу Меншикова, он был сослан в Сибирь, в далёкий Берёзов, где и умер.
Арестован и сослан вместе со своей семьёй был и Иван Долгоруков, который потом был отправлен в тот же Берёзов, а затем четвертован.