Тяготы начали сказываться на Белизарии так же, как во время первой высадки на Сицилии. Наступила осень, он удерживал Рим с помощью различных уловок уже в течение одиннадцати месяцев без всяких успехов и видел, как готы убивали его ветеранов. Напряжение сказывалось в его поступках: арест папы Сильверия на основании анонимного письма, отправка верного Прокопия в Неаполь за подкреплением, приказ супруге Антонине последовать за секретарём. Возможно, он считал, что Антонина отправится на восток просить помощи у Феодоры. Командующий постоянно думал о своей жене, которая жаловалась на его преданных командиров, связавших её имя с красивым Феодосием. Пытаясь верить и тем и другим, Белизарий, как любой другой человек, не мог верить никому. Он чувствовал, как его опутывают сети интриг, и ненавидел их. Он казнил своего одарённого командующего Константина. (Разгневанный тиранией Белизария, Константин выхватил нож и бросился на своего командира, убеждённый в том, что Антонина нашептала Белизарию унижать его.) Нервному напряжению полководца не помогло сознание того, что он сделался инструментом в другом конфликте (у него мелькали лишь догадки), не имеющем ничего общего с войной. На востоке за закрытыми дверями Юстиниан и Феодора впервые в жизни открыто выступили друг против друга.
Всё началось, когда друзья Феодоры, Север, патриарх Антиоха, и Анфимий, патриарх Константинополя, отказались признавать власть императора. Разгневанный Юстиниан созвал совет, который сместил и проклял обоих патриархов. Феодора изо всех сил боролась за них, но теперь её супруг хотел быть ближе к церковным кругам Рима, когда его армия осаждала город. Более того, как император, он чувствовал, что его власть должна довлеть над всеми церквями на востоке и западе, — чувство, которого Феодора не разделяла.
Побеждённая Юстинианом Феодора бросила все силы на помощь своим друзьям-патриархам. Она трудилась тайно, пытаясь избавить церкви от контроля императора, заключив соглашение между Римом и восточными патриархами. Не в силах побудить закон или совет Юстиниана заключить это соглашение, она плела интриги с отдельными людьми.
Появилось двусмысленное письмо, рассказывающее о связи папы Сильверия с готами. Вначале Сильверий был заодно с Феодорой, а потом выступил против неё. Белизарий и Антонина сами исполнили завуалированные приказы Августы, сначала изгнав Сильверия, а затем восстановив его. В Риме также появился дьякон Вигилий, который провёл много лет в Константинополе, беседуя с императрицей, и был настроен помочь ей. Насчёт этого Белизарий не был уверен. Антонина, ведущая переписку с Феодорой, поспешно уехала домой. В Риме всем стало ясно, что Вигилий станет следующим папой.
В Константинополе, ко всеобщему удивлению, высланный Анфимий — причина раздора — исчез из поля зрения. Говорили, что патриарха убили каким-то неизвестным способом. На самом деле Феодора спрятала его в своём доме. Там, среди благородных женщин, Анфимий был скрыт от посторонних глаз. Никто из свиты Феодоры не выдал её секрета.
Пришло время, когда Юстиниан узнал о скрывающемся в комнатах Феодоры призраке, на котором не было великолепных одежд, но всем своим видом он очень напоминал исчезнувшего патриарха. Супруг повёл Феодору к закрытым воротам маленького пурпурного дворца, потому что никто не мог их там слышать, и начал расспрашивать её:
— Анфимий жив и скрывается у нас?
Феодора покачала головой, словно в изумлении. Тот, кого выслали и предали анафеме, не мог скрываться в стенах Священного дворца. Затем она начала умолять своего супруга-императора. Женщина не могла понять религиозных противоречий. Она только знала, что блаженный Анфимий дал ей священные хлеб и вино. Это был старинный обряд восточных отцов церкви. Не может ли Юстиниан даровать ей одного? Разве он не защитит Анфимия, который давно уже не патриарх, но остаётся священником, имеющим право совершать церковные таинства?
Юстиниана это не убедило. Он подписал указ о высылке и не мог отменить его. Если он так поступит — значит, посмеётся над собственной властью. Бывший патриарх должен покинуть город и отправиться в ссылку.
Сопротивление императора принудило Феодору подчиниться. Опечаленная, она выразила своё согласие и поглядела по сторонам, недоумевая, что же делать. Теперь было невозможно прятать во дворце старого священника, но она также не могла заставить себя выслать Анфимия, как какого-нибудь преступника, подальше от префектов Римской империи. В такие нелёгкие минуты женщина часто ждала какого-нибудь знака свыше. Но ничего необычного не появилось. Внизу, у лодочного причала, как обычно, стояла императорская барка; над головой вокруг пирамидальной крыши пурпурного дворца вились ласточки, словно по сигналу они повернулись и полетели над водой, туда, где на скалах белело пятнышко башни Леандра, и через пролив, далеко, к красной крыше дома для распутных женщин. И вот исчезли из виду, полетели в Азию...
— Юстиниан, — внезапно ответила Феодора, — клянусь, что святой Анфимий пойдёт в ссылку из твоего дворца.
— Мудрое решение.