8 марта на заседании Совета было оглашено заявление Е. С. Федорова о намерении выйти в отставку, хотя он не дослужил до назначения полной пенсии всего лишь год. Это взволновало всех членов Совета, обратившихся к нему с просьбой остаться в институте по крайней мере до выслуги полной пенсии, и Е. С. Федоров дал на это согласие [12]
.Ф. Н. Чернышев директорствовал в Горном институте совсем недолго — с 15 февраля до 27 мая 1910 г., но за это короткое время ему удалось стабилизировать положение в институте и подготовить себе достойную замену в лице выдающегося профессора математики И. П. Долбни, известного своим либерализмом. Совмещение обязанностей директоров Горного института и Геологического комитета со многими другими делами было для „ Феодосия Николаевича крайне тяжело. Но он, как всегда, относился к своим обязанностям с полной ответственностью. Он выступил с ходатайством о расширении преподавательских штатов[13]
и о совершенствовании хозяйственного положения института.На заседании Совета 12 апреля 1910 г. Ф. Н. Чернышев напоминает о том, что исполнение обязанностей директора института им было принято лишь временно, что «вследствие крайнего переутомления он не может более продолжать исполнение указанных обязанностей, ибо, по предупреждению врачей, это сопряжено с риском не только для здоровья, но даже для жизни» [14]
.17 мая 1910 г. Совет избрал директором института профессора И. П. Долбню[15]
, а 24 мая —. Н. Яковлева инспектором[16], но последний не был утвержден министром. 31 мая Феодосий Николаевич в последний раз вел заседание Совета как директор, а 12 июня он был освобожден от этой должности[17].В новом семестре 20 сентября 1910 г. Ф. Н. Чернышев был избран ординарным профессором на пять лет[18]
, но ухудшение здоровья заставило его отказаться и от преподавания. 13 декабря И. П. Долбня зачитал Совету письмо Ф. Н. Чернышева с просьбой об увольнении из института. Совет постановил: «Просить Ф. Н. Чернышева не оставлять службы в институте, отметив, что Совет рассматривает момент перехода преподавания исторической геологии к профессору Ф. Н. Чернышеву как начало подъема значения преподавания этой науки» [19]. Но Ф. Н. Чернышев в повторном письме настаивает на своей просьбе, и Совет постановляет: «Принять к сведению, выразить сожаление об уходе, благодарить за понесенные труды, ходатайствовать перед министром об оставлении членом Совета, поставить на повестку следующего заседания вопрос об организации преподавания исторической геологии» [20].11 января 1911 г. директор института И. П. Долбня обратился с письмом к Ф. Н. Чернышеву: «Милостивый государь Феодосий Николаевич! Совет Горного института с истинным сожалением выслушал сообщение о намерении Вашем отказаться от профессорской деятельности. Теряя в лице Вашем славного представителя геологической науки, Совет желал бы сохранить Вас в числе своих сочленов. В этих видах постановлено ходатайствовать перед г. министром торговли и промышленности о назначении Вас членом Совета Горного института» [21]
.Во время деятельности в Горном институте Феодосий Николаевич принимал активное участие в работе Совета. Он и К. И. Богданович предложили преподавать в ‘ институте курс исторической геологии старшему геологу Геологического комитета А. А. Борисяку[22]
, вскоре ставшему выдающимся профессором; ассистентом был рекомендован Д. И. Мушкетов[23], который также стал в советское время ведущим профессором, а преподавателем аналитической геометрии был зачислен будущий крупнейший ученый . М. Крылов [24]. В январе 1909 г. Ф. Н. Чернышев участвовал в обсуждении вопроса о расширении Горного института, а позднее был избран в комиссию по его расширению [25], он высказался также за сближение музеев института и Геологического комитета (речь шла о том, что Горный институт и Геолком будут размещены на одной территории[26]).В 1906 г. он участвовал в работе комитета, учрежденного при Горном институте, по реорганизации Минералогического и Геологического музеев, и здесь пригодились многие' рациональные и перспективные его предложения по оказанию помощи институтским музеям. Некоторые коллекции из Геологического музея Академци наук по его инициативе были переданы в Горный институт.
Несмотря на исключительную занятость, Ф. Н. Чернышев был внимателен к нуждам студенчества и по мере сил участвовал в общественной жизни Горного института. Так, со слов геолога-угольщика, «отца Карагандинского бассейна», А. А. Гапеева, одного из лидеров студентов-марксистов того времени, известно, что ему удалось закончить институт только благодаря заступничеству Ф. Н. Чернышева. В 1907 г. Ф. Н. Чернышев вошел в состав правления Общества вспомоществования учащимся Горного института, которое было организовано по инициативе Общества горных инженеров, и состоял членом его правления до конца жизни. 19 февраля 1910 г. по его предложению был учрежден устав Общества взаимопомощи студентов Горного института[27]
.