В 1907 г. Ф. Н. Чернышев получил приглашение от президента Лондонского геологического общества А. Гейки принять участие в праздновании столетнего юбилея этого старейшего научного учреждения, «послужившего прототипом геологических учреждений всего мира»[27]. Горный департамент командировал Ф. Н. Чернышева на этот юбилей и одновременно по просьбе Академии наук, исходившей от академика М. А. Рыкачева, возложил на него миссию участия в конгрессе Международной сейсмологической ассоциации, который должен был состояться примерно в это же время в Гааге, в качестве представителя Сейсмической комиссии России[28].
Активная работа Ф. Н. Чернышева в Академии наук и особенно руководство Шпицбергенской экспедицией создали ему высокий авторитет среди русских академиков и руководства Академии наук. Ему была поручена ответственная миссия представлять Академию наук в Международном союзе академий — крупнейшей международной научной организации, возникшей на рубеже веков и существующей до наших дней в виде Международного совета научных союзов. История его создания относится к тому периоду, когда научная мысль достигла такого размаха, что перестала быть достоянием лишь одного государства. Становилась все более очевидной необходимость координации работ в международном масштабе и разработки системы научной информации, создания обществ и организаций, проведения международных совещаний с обсуждением актуальных научных проблем. Одной из постоянных международных организаций ученых стала Международная ассоциация геодезии, образовавшаяся еще в 1862 г. На конгрессе этой ассоциации в Париже были высоко оценены результаты экспедиции по градусному измерению на Шпицбергене. В 1882—1883 гг. при участии ученых 12 стран был проведен первый Международный полярный год, когда по единой программе различными странами одновременно осуществлялись геофизические наблюдения в Арктике. Начиная с 70—80-х годов прошлого века стали регулярно проводиться многие крупные международные конгрессы ученых — геологов, физиологов, географов. «Тенденция к установлению международных научных связей, организации международных конференций, обмену опытом,— пишут В. С. Верещетин и Ё. Д. Лебедкина,— наблюдалась также и со стороны академий наук и научных советов ряда стран. В 1899 году Российская академия наук, Французская академия наук и Национальная академия наук США, выражая интересы научной общественности своих стран, пришли к соглашению о том, что в целях установления постоянных научных связей необходимо создать Международную ассоциацию академий. В том же году в Висбадене состоялось совещание представителей академий наук упомянутых стран, на котором была учреждена эта новая международная организация. В следующем, 1900 году в Париже было созвано первое заседание Международной ассоциации академий» [29].
В 1899 г. в состав Международной ассоциации академий, кроме трех академий-учредительниц, вошли Королевская Прусская академия в Берлине, Королевское общество наук в Гёттингене, Королевское Саксонское общество наук в Лейпциге, Лондонское королевское общество, Королевская Баварская академия наук в Мюнхене, Римская академия наук, Академия наук в Вене. Было предложено вступить в состав союза многим другим научным обществам и академиям. Задачей Международного союза академий было содействовать осуществлению международных предприятий, а также «сговариваться насчет способов облегчения научных сношений». В рамках этого союза стали функционировать многочисленные научные предприятия, съезды, конгрессы,, ассоциации. Авторы исторического очерка Академии наук СССР пишут: «Русские академики участвовали в работе съездов союза в Париже (1901), Лондоне (1904), Вене (1907) и Риме (1910). Свидетельством большого авторитета русской Академии наук за рубежом явился перевод в 1910 г. управления делами Международного союза Академий в Россию. В мае 1913 г. члены союза собрались на свой очередной съезд в Петербурге. Русские академики принимали также участие в работах II Международного ботанического конгресса в Вене (1906), Полярного конгресса в Брюсселе (1906), V конгресса Международного комитета по карте в Париже и др.» [30].
Во многих из этих международных предприятий участвовал и Ф. Н. Чернышев как представитель Академии наук. Так, 4 сентября 1904 г. он был избран делегатом Центральной сейсмической комиссии Академии наук и участвовал в специальной комиссии для приведения существующих сейсмических организаций в согласование с воззрениями Международной ассоциации академий. 10—12 октября он участвовал в совещаниях Международной ассоциации академий во Франкфурте-на-Майне, а 29 октября сделал там доклад с проектом намеченных изменений параграфов устава Международного сейсмологического союза, затрудняющих присоединение некоторых государств к этому союзу. Летом 1905 г. Ф. Н. Чернышев был командирован в Льеж для участия в заседаниях Международного конгресса по прикладной геологии.