На протяжении 30 лет своего существования Геологический комитет испытывал большие трудности в работе из-за отсутствия надлежащего помещения, в котором можно было бы разместить сотрудников, все прибывавшие коллекции, постоянно растущий фонд библиотеки. Комитет вынужден был ютиться то в трех комнатах в Горном институте, то в выделенной ему там же профессорской квартире, для увеличивающегося штата сотрудников нанимались частные квартиры в различных районах. Долгое время главное помещение Геолкома находилось в особняке графини Остен- Сакен (4-я линия Васильевского острова, дом 15). Академик П. И. Степанов так описывает этот дом: «Из прихожей одна дверь вела прямо в большой круглый зал с верхним светом, а маленькая дверь налево — в коридорчик, из которого по лестнице можно было или спуститься в полуподвальный этаж, где жили с семьями служители, или подняться в мезонин, или пройти прямо в помещение библиотеки и зал Присутствия. Библиотека играла важную роль в жизни Геологического комитета. Она помещалась в двух небольших комнатах, заставленных книжными шкафами. Главная же масса собраний книг этой наиболее полной и ценной геологической библиотеки России хранилась в шкафах, которые размещались в зале Присутствия вдоль стен, а также стояли всюду, где только было хоть небольшое свободное пространство... Залом Присутствия Геологического комитета была большая комната с камином — бывшая столовая. Посередине стоял длинный стол заседаний, покрытый синим сукном. Для членов комитета вокруг стола были расставлены венские кресла, а для лиц рангом пониже — венские стулья. И почему-то на мраморном камине стоял маленький чугунный бюстик одного из деятелей горнозаводского Урала... Три передних зала особняка были заняты музеем. Музей состоял из витрин старой образца в виде грибов, где и были размещены основные коллекции, служившие материалами для монографий, издававшихся комитетом и получивших всемирную известность. В выступе одного зала, где, по-видимому, прежде был зимний сад, стоял рабочий стол А. П. Карпинского. Когда он работал за столом, его величественный профиль четко вырисовывался на. фоне большого венецианского окна, выходившего во двор особняка. Все проходившие через зал старались идти тихо, не топать ногами и громко не разговаривать.
Из бокового зала музея вела дверь в кабинет директора комитета академика Ф. Н. Чернышева, где стояли шкафы с коллекциями и стол, заваленный книгами и бумагами. Около окна стоял столик с наждачными кругами для пришлифовки раковин, а на тяжелой тумбе лежали мешок с песком и молотки для обработки образцов. Прочие комнаты особняка были заняты старшими геологами, геологами, помощниками геологов и другими сотрудниками комитета. В комнатах было тесно, между столами и шкафами иногда с трудом можно было пройти» [19]
.Вопрос о строительстве специального здания для Геологического комитета поднимался еще до вступления Ф. Н. Чернышева на пост директора. В 1901 и 1904 гг. Присутствие назначало специальные комиссии для подготовки этого вопроса, которым поручалось определить размеры здания, приблизительную стоимость сооружения и возможность постройки без специального кредита. Комиссии основывались на том, что кабинеты для геологов должны представлять собой комнаты с двумя окнами и размером 3 на 4 сажени. Это было принято за единицу размера помещения, и, исходя из тогдашнего штата Геолкома, было установлено, что помещение должно составлять 100 таких единиц. К этому прибавлялись объемы входов, лестниц и т. д.[20]
Был составлен и чертеж здания. Но было очевидно, что Геологический комитет, постоянно нуждавшийся в дополнительных средствах для ведения геологических исследований, не сможет осилить даже столь скромный проект. Ф. Н. Чернышев начал упорную борьбу в самых высших правительственных инстанциях за выделение специальных средств на строительство здания, которая увенчалась победой. 5 июня 1912 г. царь подписал «Закон об определении стоимости постройки и оборудования здания Геологического комитета и музея прикладной геологии и об отпуске из государственного казначейства средств на производство означенных постройки и оборудования»; сумма составляла 1 млн. 411 тыс. руб.Еще до этого Ф. Н. Чернышеву удалось выхлопотать у военного ведомства участок земли на Васильевском острове, который находился между 19 и 20 линиями по Среднему проспекту. Проект здания был разработан академиком архитектуры А. А. Полещуком при участии академиков Μ. Т. Преображенского и И. И. Померанцева. По распоряжению министра торговли и промышленности была создана строительная комиссия под председательством члена Горного совета Н. И. Оссовского, главным производителем работ стал инженер Н. А. Васильев. 23 июня 1912 г. был подписан контракт между А. А. Полещуком и Н. И. Оссовским о взаимных обязательствах по постройке здания [21]
.