Жан-Жаку надо было познакомиться с мэтром Аруэ и у того спрашивать об окружающем мире, но не судьба была ему познакомиться с мэтром напрямую. А тот как раз искал себе молодого умного образованного секретаря. Если бы Жан-Жак в то время был в три раза младше, то могло получиться так, что он бы и стал очередным секретарём великого человека, а так личным секретарём мэтра стал тоже женевец, двадцатипятилетний сын женевского учителя Жан-Луи Ваньер. А вот мэтр и Жан-Жак в последствие стали непримиримыми врагами. До того как разругаться они заочно познакомились в 1745 году по инициативе Жан-Жака, обменявшись письмами по поводу переделки пьесы "Принцесса Наварская", которую написал Аруэ. Жан-Жак так вспоминал об этом в своей "Исповеди": "В зиму, последовавшую за битвой при Фонтенуа, в Версале было много празднеств. Между прочим, давалось несколько опер в театре Птит-Экюри. В их числе была драма Аруэ "Принцесса Наваррская", музыку к которой сочинил Рамо. Это сочинение было переработано и получило новое название: "Празднества Рамиры". Новый сюжет требовал некоторых изменений в дивертисментах, как в стихах, так и в музыке. Нужно было найти кого-нибудь, кто справился бы с этой двойной задачей. Так как Аруэ, находившийся тогда в Лотарингии, и Рамо были заняты оперой "Храм славы" и не могли уделить "Рамире" внимания, Ришелье подумал обо мне и велел предложить мне взяться за нее, а чтобы я мог лучше разобраться с задачей, прислал мне отдельно стихи и ноты. Прежде всего, я решил не прикасаться к тексту иначе, как с согласия автора, и написал Аруэ по этому поводу, как и подобало, очень вежливое, даже почтительное письмо. От мэтра я получил крайне любезный ответ".
Серьёзная размолвка между ними произошла, когда в 1755 году Жан-Жак издал второй свой знаменитый трактат, "Рассуждение о происхождении неравенства". По поводу этого трактата он получил от Аруэ весьма ироничное и ядовитое письмо: "Я получил ваше новое сочинение, направленное против рода человеческого, и благодарю вас. Вы понравитесь людям, которым говорите правду в глаза, но вы их не исправите. Никто не употребил столько ума, чтобы постараться сделать нас животными. Когда читаешь ваше сочинение, хочется встать на четвереньки и зарычать. Однако я, оставив эту привычку больше шестидесяти лет назад, к несчастью чувствую, что не смогу к ней вернуться ... Я довольствуюсь ролью мирного дикаря в уединении, которое я избрал возле вашей родины, где вас, к сожалению, нет".
Окончательный разрыв Жан-Жака и Аруэ произошел в 1760 году, после того как фернейский мудрец поддержал устройство в Женеве театра. Жан-Жак, как уроженец Женевы резко выступал против театральных представлений в Женеве, считая, что театр, дьявольское изобретение, приведет к упадку нравов в республике. Вот во Франции есть театры, поэтому там сплошной разврат. В ответ на помещенную в "Энциклопедии" статью Д"Аламбера "Женева" он написал знаменитое "Письмо Д"Аламберу о зрелищах". Фернейский мудрец резко отрицательно откликнулся на это сочинение Жан-Жака и в письме к Д"Аламберу от 4 мая 1759 года назвал его сумасшедшим человеком. Оценка мэтра в своём едком стиле и появление в Женеве театра, благодаря проталкиванию этой идеи Аруэ, стали для Жан-Жака поводом к скандалу. Кальвинист не захотел видеть театр на своей родине. 17 июня 1760 года он написал Аруэ письмо, ставящее точку в их хороших отношениях: "Я вас не люблю. Вы нанесли мне обиды, которые были мне особенно чувствительны - мне, вашему ученику и поклоннику. Женева дала вам убежище, а вы за это погубили ее. Вы сделали моих сограждан чуждыми мне, в награду за похвалы, которые перед ними я расточал вам. Вы делаете невозможным мое пребывание в Женеве, вы заставите меня умереть на чужбине, лишенным всех утешений и, вместо всякого почета, брошенным в помойную яму, в то время как вас на моей родине будут сопровождать все возможные почести. Наконец, я ненавижу вас за то, что вы этого хотели, но ненавидя вас, я сознаю, что мог бы вас любить, если бы вы этого пожелали. Из всех чувств к вам, какими было переполнено мое сердце, остается лишь удивление, в котором нельзя отказать вашему гению, и любовь к вашим сочинениям. Если я могу уважать только ваши дарования, то это не моя вина. Я никогда не нарушу уважения, которого требуют ваши таланты, и буду поступать так, как предписывает это уважение. Прощайте".
У мэтра Аруэ до Ваньера работало ещё два секретаря. Это француз Лоншан (Longchamp), который работал до апреля 1751 года и флорентиец Коллини (Collini), проработавший до июня 1756 года. Они не сумели оправдать доверия мэтра, кроме этого они оба не ужились с мадам Дени. Пришлось старику в июне 1756 года бросить клич: "Ищу слугу толкового, и который даже умел бы писать".