— Огорчая врагов, он был нашим веселием… Сей ревностный поборник браней Отечества, подвизаясь за его безопасность, не хочет примечать опасностей собственных; и смерть двукратно проходит сквозь его главу… Какие пререкаемые знамения! Те, которые видели язвы сии, еще открытые, думали, что в последний раз видят сего язвенного… Наконец, приближалась сия мрачная година Отечества, для которой Михаил соблюдаем был, яко светильник для нощи… Какая сила языка представит ту силу духа, с которою ветхий вождь, принужденный для спасения Отечества принести в жертву его древнюю столицу, приемлет на единые свои рамена все несчастия и жалобы ее жителей, всю скорбь подвизавшихся за нее ратников, все сострадания и опасения Отечества, и наконец тяжкие опустошенной Москвы развалины?.. Как венчаемый Победоносец, он вземлется среди непрерывных победительных восклицаний предводимого им воинства; как благословляемый защитник Церкви, он сопровождается в своем исходе величественнейшим торжеством ее, и проходит мрачную дверь смерти среди светлых дней Воскресения… Россияне! вы все единодушно желаете, чтобы дух, данный Смоленскому, не преставал ходить в полках наших и почивать на вождях наших. Нет лучшей сего похвалы для отшедшего; нет лучшего наставления для оставшихся сынов Отечества.
Филарету суждено было стать первым, кто дерзнул осмыслить значение великих и потрясающих событий. В самом начале 1813 года президент Российской академии художеств Алексей Николаевич Оленин обратился к нему с просьбой написать рассуждение о том, почему России удалось сокрушить несокрушимую мышцу Наполеона. Оленин потерял на войне своего девятнадцатилетнего сына Николая, прапорщика лейб-гвардии Семеновского полка, погибшего в Бородинском сражении. В письме Филарету он писал: «Кому же, если не служителю святого алтаря, приличествует доказать происшествиями нынешней войны, что неимоверные подвиги народа русского начало и основание свое имеют в беспредельной вере к Богу, в верности к Царю и в любви к Отечеству».
Архимандрит Филарет откликнулся на просьбу Оленина и написал трактат «Рассуждение о нравственных причинах неимоверных успехов наших в настоящей войне». По его признанию, он сам робел писать о событиях, «которые сами о себе говорят выразительнее всех языков человеческих и в которых, по исповеданию всех благочестивых и добродетельных людей, даже по признанию некоторых безбожников, сам Господь возглаголал». Он считал, что «рассуждать о таких происшествиях царств, которые, очевидно проходя под Перстом Царя Царствующих, представляются в позор и наставление миру… имеют полномочие токмо те, которым Он Сам изострил и расширил взор, дабы они могли проникать в тайные законы миродержавства Его, и отчасти объимать безмерные соображения судов Его».
В мае 1813 года трактат был зачитан в собрании «Беседы Любителей Русского Слова», в которое Филарета избрали в 1812 году за проповеди, а в первую годовщину Бородинской битвы журнал «Сын Отечества» опубликовал «Рассуждение» в двух номерах.
«Дано кровопролитнейшее из всех известных в наши времена сражение, в котором чем более победа колебалась между превосходством сил и совершенством искусства, между дерзостию и неустрашимостию, между отчаянием и мужеством, между алчностью грабежа и любовью к Отечеству, тем торжественнее увенчана правая сторона», — писал Филарет в своем «Рассуждении».
Обращаясь к Наполеону, он предупреждал его о каре Господней: «Ты не наступил на сердце России, но преткнувшись, оперся на грудь ея, и вскоре будешь отражен и низвержен. Россия не будет унижена, но вознесется к славе доселе невиданной. Война, расположенная по чертежу коварства и злобы, достигла своего предела: начинается брань Господня».
Говоря об участи государств, он подчеркивал, что она «определяется вечным законом истины, который положен на основание их бытия и который, по мере их утверждения на нем или уклонения от него, изрекает на них суд, приводимый потом в исполнение под всеобъемлющим судоблюстительством Провидения». И далее: «Оставив Бога, оно (государство) может быть оставлено самому себе, по закону долготерпения, или в ожидании его исправления, или в орудие наказания для других, или до исполнения меры его беззаконий; но вскоре поражается правосудием, как возмутительная область Божией державы».
29 июня 1813 года в праздник Петра и Павла Филарет был удостоен редкой для архимандрита награды — ордена Святого Владимира 2-й степени Большого креста со звездой при высочайшем рескрипте, в котором значилось, что он «сопричисляется к этому ордену за неусыпные труды по званию ректора и профессора богословских наук в Петербургской духовной академии, деятельности в образовании, достойных служителей алтаря Господня».