В конце XII в. самой влиятельной школой тибетского буддизма становится основанная еще в 1073 г. школа
Монастырь Сакья контролировался аристократическим кланом Кхон, из числа представителей которого выходили иерархи этого направления буддизма. Школа Сакья-па не требовала обязательного безбрачия у духовных лиц, но существенным ограничением здесь было требование прекратить половую жизнь после рождения наследника. Однако сакьяские иерархи принимали монашеские обеты, что привело к установлению практики передачи сана настоятеля и первоиерарха школы от дяди к племяннику в рамках клана Кхон.
Доктрина школы Сакья-па восходила к учению индийского йогина, махасиддхи Вирупы, провозгласившего принцип «плод—результат», согласно которому цель пути непосредственно реализуется в процессе его прохождения. По философским взглядам последователи Сакья-па придерживались синтеза умеренной мадхьямаки и йогачары.
Несмотря на то, что представители школы Сакья-па отличались ученостью и были авторами многочисленных сочинений, эта школа прославилась прежде всего своей политической активностью в плане достаточно успешных попыток объединения Тибета в единое теократическое государство; в этом отношении иерархи Сакья-па, несомненно, были непосредственными предшественниками гелугпинцев. Сакьяс-цам практически удалось достичь этой цели, чему способствовали их тесные контакты с правителями монгольской императорской династии Юань в Китае.
Помимо основной ветви к школе Сакья-па примыкал еще ряд субтрадиций, наиболее влиятельной из которых было направление
Несмотря на то, что Джонанг-па никогда не была особенно многочисленна, она дала миру одного выдающегося буддийского ученого — Таранатху (Дараната Гунга Ньинбо, 1575—1634). Таранатха был историком, знатоком санскрита, собирателем и восстановителем памятников истории Тибета. Он перевел ряд санскритских грамматических сочинений, но прославил Таранатху его собственный труд — знаменитая «История буддизма в Индии» (1608 г.). «Перерождениями» Таранатхи считались ургинские
Позднее других оформилась в качестве организованной школы Ньингма-па, хотя само это название и означает «старая», или «древняя», поскольку ее последователи считали, что они хранят верность тому буддизму, который принес собой в VIII в. из Индии Падмасамбхава, почитаемый ими как Гуру Римпоче («Драгоценный Учитель»), и отвергают все пришедшие в Тибет позднее доктрины и формы практики как ненужные нововведения. Таким образом, ньингмапинцы являются своеобразными «старообрядцами» Тибета.