Шеллинг и Гегель показывают соотносительность понятий «субстрата» и «субстанции», натуралистического и теистического мировоззрений и их предпосылок в субстанционально–системном диалектическом идеализме. Описательное религиоведение стремится выявить субстрат, минимальный набор эмпирических характеристик религии как таковой, разрабатывая объективную классификацию феноменов духовной культуры. Субстратный подход в современной науке играет роль методологии редукционизма, сведения сложного и многостороннего к простому и элементарному. Религия выступает как элементарное конфессиональное или субъективное мироотношение.
Феноменологические и герменевтические методологии выявляют дополнительные к традиционным описательным аспекты религии, позволяя многосторонне исследовать основания тех или иных элементарных явлений. Субстратные особенности религии исследуются в плане их генезиса, тех социальных функций, которые их обусловливают, продуктами которых они являются. Субстратной, или элементаристской, методологии противопоставляется функционалистская, как дополнительная к ней. Анализ эмпирического сходства религий дополняется анализом социальных функций тех или иных элементарных явлений религиозности как форм «отношения к сакральному».
Религия при этом отождествляется с духовностью и духовной культурой как таковой. Многокачественность феноменов духовной культуры приобретает сугубо соотносительное значение, релятивизируясь и теряя общую значимость, выступая как взаимозаменяемые функциональные аналоги. Исследование разнообразных форм духовной культуры приводит к разработке концепций макроэволюционного уровня. Это достигается выходом на собственно философский уровень религиоведческого анализа, где религиоведение непосредственно выступает как сфера диалога между носителями различных убеждений и мировоззренческих традиций, между представителями разных форм жизни современного общества. В ходе такого диалога выявляются категории корректного и толерантного анализа бытийственного отношения личности и мира.
Феноменология и герменевтика обосновали понимание основания религии как логического субъекта, трактуемого как фундаментальный личностный интерес к незримому, трансцендентному, как внеисторическую структуру, самовоспроизводящуюся в конкретных эмпирических «религиях», «мифологиях» или «идеологиях» как ее функциях. Семиотика, кибернетика и общая теория систем трактуют религию как функциональную систему прямых и обратных связей, самосохраняющуюся и развивающуюся подобно иным функциональным системам, изучаемым в социальных, биологических и технических науках.
Христианское тринитарное богословие стало первой формой методологического разделения принципов сущностного познания на субстратные и субстанциональные. Субстратный принцип предполагает сведение уникального (единичного) к общему (родовому), тогда как субстанциональный — к системному, где единичное выступает как уникальность, несравнимая с другими единичностями как уникальностями, где особенное не редуцируется к общему, а общее не поглощает уникальное. Традиционному сведению явлений действительности к физическим, субстратным или духовным, «эйдейтическим», функциональным, бессубстратным «родовым основаниям», или сущностям, капподокийскими богословами была противопоставлена формула «единосущия ипостасей».
Уникальность и общность впервые были поставлены в положение равных партнеров по диалогу, возможное только при признании абсолютной ценности каждого из партнеров. Уникальность выступает как необходимая предпосылка системности как экологичности. Истина превращается в живой и искренний диалог имманентных уникальностей, убеждения которых перестают быть поводом для расколов, фанатичного преследования или унижения достоинства друг друга именно как особенных.
Субстратному и функциональному редукционизму субстанциональный подход противопоставляет герменевтику уникальных бытийственных ситуаций специфических измерений реальности, глубинного диалога «Я и Ты», субъективности и объективности. Схематическим формально–логическим дефинициям и конфронтации убеждений здесь противопоставляется живое бытие в атмосфере сопереживания, открытости и доверия, поиска коммуникативных средств взаимопонимания.
Экология духа утверждается как концептуальный принцип субстанционального понимания явлений действительности в их историческом и географическом бытии. Она предполагает толерантность, веру в единство человечества и волю к взаимопониманию, опирается на рационализм, конструктивное познание мира, демократическое устройство общества, творческий традиционализм, сознающий ценность и значимость опыта предыдущих поколений, свободу совести и трансцендентализм как убеждение в сложности бытия и открытости символических коммуникативных средств его выражения в языке.