Когда настало время, философ защищался довольно искусно. Некоторые из пунктов, до конца сохранившихся в обвинительном акте, были попросту нелепы: само собой, он не сделался магометанином во время пребывания на Востоке и даже не подвергся обрезанию. Труднее было оправдаться в том, что он служил неверным, когда турецкий флот и войска воевали с императором, Зенон сослался на то, что, будучи сыном флорентийца, но проживая и трудясь в ту пору в Лангедоке, он почитал себя подданным всехристианнейшего короля, который поддерживал добрые отношения с Оттоманской Портой. Довод был не слишком убедителен, но тут стали распространяться весьма выгодные для обвиняемого небылицы насчет его поездки в Левант. Зенон якобы был одним из тайных агентов императора в берберских землях и умалчивает об этом единственно из нежелания разгласить тайну. Философ не стал оспаривать этот слух, как и некоторые другие, не менее романтические, чтобы не огорчить неизвестных друзей, которые, судя по всему, их распространяли. Еще более чернила Зенона двухлетняя служба у шведского короля — она относилась к сравнительно недавнему времени, и никакой ореол легенды не мог ее приукрасить. Суд желал установить, сохранил ли он в этой протестантской стране свою католическую веру. Зенон утверждал, что не отрекся от католицизма, но умолчал о том, что ходил слушать проповеди, стараясь, впрочем, делать это как можно реже. Снова всплыло на поверхность обвинение в шпионаже в пользу иноземцев; подсудимый произвел невыгодное впечатление, заявив, что, мол, намеревайся он что-нибудь выведать и кому-нибудь о том сообщить, он уж, верно, обосновался бы в городе, не столь отдаленном от важных событий, как Брюгге.
Но как раз долгое пребывание Зенона в родном городе под вымышленным именем и заставляло судей хмурить лоб: им мерещилась в этом какая-то зловещая тайна. Что нечестивец, осужденный Сорбонной, несколько месяцев скрывался у своего приятеля, хирурга-брадобрея, никогда не выказывавшего христианского благочестия, еще можно понять; но что искусный медик, врачевавший венценосцев, согласился долгое время влачить скудное существование лекаря при монастырском убежище — было слишком странным, чтобы оказаться невинным. На сей счет подсудимый отвечал невнятно: он, мол, сам не знает, почему так надолго задержался в Брюгге. Из какой-то стыдливости он не сослался на то, что все глубже привязывался к покойному приору, — впрочем, причина эта могла быть убедительной только для него одного. Что до преступных сношений с Сиприаном, обвиняемый их начисто отрицал, но все заметили, что говорил он об этом без того праведного негодования, какое было бы здесь уместно. Обвинения в том, что в убежище Святого Козьмы лечили беженцев и оказывали им помощь, больше не повторяли; новый приор миноритов, справедливо решивший, что монастырь уже и так довольно пострадал от всего происшедшего, настоял, чтобы не возрождали толков о неблагонадежности врача, служившего в лечебнице. Узник, который до сих пор вел себя примерно, с яростью обрушился на прокурора Фландрии, Пьера Ле Кока, когда тот, сызнова подняв вопрос о запретных и ведовских воздействиях, заметил, что именно колдовскими чарами и можно объяснить крайнее пристрастие Жана-Луи де Берлемона к врачу. Зенон, ранее объяснявший епископу, что в известном смысле магией можно считать все, теперь пришел в исступление оттого, что таким образом пытались обесценить взаимное тяготение двух свободных умов. Но преподобнейший епископ не стал ловить его на этом явном противоречии.
В отношении вопросов догмы обвиняемый оказался настолько ловким, насколько может быть ловким человек, запутавшийся в густой паутине. Двух теологов, приглашенных в качестве аудиторов, особенно занимал вопрос о бесконечности миров; долго спорили о том, тождественны ли понятия безграничного и бесконечного. Еще дольше длилось препирательство о том, вечна ли душа или она способна пережить тело лишь отчасти и даже лишь на время, ибо для христианина на деле это означает, что она попросту смертна. Зенон иронически напомнил своим оппонентам определение различных частей души, данное Аристотелем и позднее углубленное арабскими учеными. О бессмертии какой души идет речь — души растительной, животной, рациональной или, наконец, профетической — или же речь идет о той сущности, которая таится под ними всеми? Продолжив рассуждение, он обратил внимание своих противников, что некоторые из этих гипотез напоминают гилеморфическую теорию святого Бонавентуры, которая предусматривает известную телесность души. С этим выводом согласиться не пожелали, но каноник Кампанус, присутствовавший при споре и помнивший, как обучал когда-то своего питомца тонкостям схоластики, услышав его аргументацию, почувствовал прилив гордости.