На переходе морем командующий эскадрой Л. Гейден, присмотревшись к расторопному гардемарину, назначил Владимира Истомина своим порученцем.
Во время Наваринского сражения флагманский корабль «Азов» принял на себя основной огневой шквал египетско-турецкой эскадры.
Отражая атаки пяти вражеских кораблей, ответный орудийный шквал «Азова» вскоре вывел из строя флагманов неприятеля.
Контр-адмирал Гейден под огнем неприятеля умело руководил действиями кораблей русской эскадры. Ему помогал и юный порученец Владимир Истомин, получивший боевое крещение в этом сражении. Наградой ему был серебряный крест Святого Георгия.
Среди отличившихся в Наваринском сражении Гейден отметил и своих помощников — «должность исполняли с необыкновенным усердием и деятельностью, а особенно Истомин, коего не могу довольно нахвалиться».
Спустя десять дней Гейден, превышая свои полномочия, произвел Истомина и его товарищей в мичманы — первый офицерский чин, о чем доносил Менши-кову: «Во уважение отличной их храбрости и деятельности во время сражения».
Два года мичман Истомин во время войны с Турцией на «Азове» крейсирует в Средиземном море, участвует в блокаде Дарданелл и затем возвращается с эскадрой М. Лазарева в Кронштадт.