Минуло два месяца. Шишмарев ушел в плавание, думая, что о нем позабыли. Вернувшись в Кронштадт, матрос получает пакет: «Матросу Шишмареву от вице-адмирала Макарова». В пакете тетрадка и записка, Макаров сообщал, что другую тетрадку со стихами оставил у себя, чтобы поместить в журнале «Море и его жизнь», приглашал Шишмарева навестить его в свободное время, хотел потолковать с ним о его будущем. Впоследствии Шишмарев стал литератором.
Макарова, как военного губернатора, беспокоит положение в заведениях на берегу. Он добивается улучшения положения рабочих пароходного завода, которых уволили без пенсии, предоставления им отпуска, что было немыслимо в те времена. Для рабочих создали клубы для отдыха, где вечерами бывал и сам адмирал. Нередко посещал он гимназию, реальное училище, садился за свободную парту, внимал ответу ученика или пояснению учителя. Часто видели его в Морском инженерном училище, Минном офицерском классе, фельдшерской школе.
Много внимания уделял Макаров благоустройству Кронштадта, где на улицах оборудовали даже по тому времени редкое газовое освещение.
В вопросах служебных отношений адмирал не шел ни на какие компромиссы, не уступая никому, даже великим князьям. Не переносил хамелеонов, подлиз и самоуправство. «Самодуры не создают дисциплины, а только развращают людей, — неоднократно повторял Степан Осипович. — Весь мой дисциплинарный устав укладывается в одну фразу: «не только за страх, но и за совесть».
Еще до назначения в Кронштадт Макаров в кругу приятелей откровенничал:
— Мне бы надлежало быть в Порт-Артуре, командовать Дальневосточной эскадрой. Боюсь, что этого не миновать, только случится сие, когда дела наши там будут совсем плохи. Наш флот и без того слабее японского, — говорил он, — ас устройством военного порта в Порт-Артуре наши морские силы разбиты надвое и между ними находится неприятель».
Он вырос и служил на Дальнем Востоке и знает не понаслышке положение дел на Тихоокеанской эскадре, где служил раньше.
Своей тревогой он делится не только с друзьями, следуя своему принципу «Помни войну!», в секретной записке от 22 февраля 1900 года докладывает морскому министру Авелану: «