В Испании известие о падении Панамы произвело ошеломляющее впечатление. Английский посол Уильям Годолфин писал, что королева-регентша была «так расстроена, так рыдала навзрыд и металась в ярости, что те, кто был рядом с ней, боялись, как бы это не сократило ей жизнь». Англо-испанский договор, подписанный 8 июля 1670 года, оказался под угрозой срыва. Годолфин старался успокоить испанских министров, уверяя, что его правительство не причастно к «панамской акции». В письме лорду Арлингтону, заместителю лорда-адмирала Англии, он обращал его внимание на то, что равновесие сил в Европе нельзя подвергать риску ради того, чтобы набить пиастрами разбойничьи кошельки.
Если сравнить дивиденды от разграбления Панамы и уступки, сделанные испанской короной англичанам по Мадридскому миру 1670 года, то станет понятно, что гораздо большую ценность для Англии имели статьи упомянутого договора. Статья VII гласила: «Все обиды, потери, убытки и оскорбления, которые английская и испанская нации… претерпели друг от друга когда-либо в прошлом в Америке, должны быть преданы забвению и совершенно стерты из памяти, словно их никогда и не было. Кроме того, договорено, что светлейший король Великобритании, его наследники и преемники будут удерживать и вечно владеть… всеми землями, районами, островами, колониями или доминионами, расположенными в Вест-Индии или в любой иной части Америки, которые король Великобритании и его подданные в настоящее время удерживают».
Таким образом, Испания впервые официально признала Ямайку английским владением.
Хотя статья VIII договора запрещала английским и испанским подданным свободно торговать друг с другом в Вест-Индии, следующая, IX статья, по словам Годолфина, «оставляла двери открытыми». Она предусматривала пожалование купцам обеих наций лицензий на право торговли в английских и испанских владениях. Кроме того, статья X разрешала кораблям обеих наций в случае непогоды или поломки заходить в порты друг друга, где капитаны могли производить ремонт и переоснастку своих судов, а также запасаться провизией и дровами.
Всю вину за сожжение Панамы правительство Карла II возложило на губернатора Ямайки. Новый губернатор острова сэр Томас Линч получил предписание арестовать Модифорда и выслать в Англию для суда. В частной инструкции король предписывал Линчу, чтобы «как только он возьмет под свой контроль управление и форт [Форт-Чарлз], во избежание каких-либо осложнений вследствие этого ему надлежит арестовать сэра Томаса Модифорда и отправить домой под усиленной охраной, [потому что] вопреки ясным распоряжениям короля, он совершил многие преступные и враждебные акции против подданных доброго брата Его Величества – Католического Короля».
В вину Модифорду могли поставить не только санкционирование антииспанских экспедиций в те годы, когда на официальном уровне в англо-испанских отношениях намечалось потепление, но и утаивание от короны значительной части доходов от каперства. Отчеты самого губернатора о доходах и расходах Ямайки с 4 июня 1664 года по 25 июня 1671 года, включая отчет о «пятнадцати процентах с призов в пользу Его Величества», показывают ничтожно малые поступления от захваченной флибустьерами добычи. Этот особый отчет охватывает период с 20 августа 1665 года по 17 ноября 1667 года. В нем доля короля оценена в 858 ф. ст. 18 шилл. и 3 пенса, что явно мало, учитывая приватирскую активность в указанное время. Бухгалтер Модифорда Кэри Хиляр показал под присягой сэру Томасу Линчу, что «отчет о пятнадцати процентах точно соответствует записям адмиралтейского суда», и это лишь усиливает недоверие как к отчетам, славшимся с острова, так и к деятельности адмиралтейского суда Ямайки. Еще более удивительным является утверждение Хиляра об отсутствии каких-либо доходов из указанного источника в период с 1668 по 1671 год.
Крайне негативным следствием поощрения флибустьерства Линч считал «разбазаривание» людских ресурсов Ямайки. По его данным, во время экспедиций 1665–1671 годов (на Наветренные острова, Кубу, Пуэрто-Бельо, Маракайбо, Гранаду и Панаму) было потеряно около 2600 людей «самого бравого сорта», не считая тех, кто погиб в море на различных судах. Отсюда новый губернатор сделал вывод, что война против испанцев «невероятно задержала заселение этого острова».
В середине мая 1671 года сын Модифорда Чарлз был арестован и помещен в лондонский Тауэр в качестве дополнительной гарантии доставки его отца в Англию, и когда в начале августа эти новости достигли Ямайки, Линч не стал тянуть время; заманив Модифорда на борт военного корабля «Эсистенс», он обнародовал привезенные из метрополии королевские указы.
Морган в это время был болен, так что никто не сделал попытки освободить экс-губернатора. Через несколько дней сэр Томас был перевезен на борт судна «Джамайка мерчент».