Деятельность штаба коморси началась 3 июня 1919 г. Окончательно же «Положение» о нем было разработано в МГШ к 20 июня и послано начальнику Полевого штаба РВСР в Серпухов[861]
. Отзыв едва успели получить к началу совещания по обсуждению окончательного варианта положения о коморси и о его штабе (11 августа)[862]. В это совещание входили представители Штаба РВСР, Штаба коморси и МГШ. Отсутствие «Положения…» нервировало сотрудников нового органа управления. 25 августа сотрудник штаба бывший капитан 2 ранга С. А. Изенбек и комиссар штаба А. К. Ган запрашивали, что задерживает утверждение положения о нем. Только 27 сентября 1919 г. совещание запросило утверждение приказа о введении Положений о коморси и его штабе[863]. Положение о коморси предусматривало, что он является помощником главкома по морским вопросам, но при этом не руководит операциями сам (это делают главком и командармы), а является консультантом по морским вопросам[864].В. В. Случевский, бывший капитан 1 ранга, служивший в МГШ, записал в 1920 г.: «Недостаточная эластичность конструкции б[ывшего] Генмора особенно начала сказываться в условиях текущей (начавшейся тогда) гражданской войны, с возникновением у нас внутренних фронтов, а вместе с тем речных и озерных флотилий. Ближайшим последствием этого было то, что б[ывший] Генмор как учреждение перестал успевать за темпом вызванной новыми условиями работы и руководить оперативной деятельностью, в значительной степени принявшей характер речных операций, ему было не под силу. Работа б[ывшего] Генмора, которая, по существу, должна была сводиться главным образом к оперативному руководству, в действительности, ввиду его конструкции во многом принимала никчемный академический характер. Обстоятельство это и послужило в естественном порядке причиной к возникновению мысли об организации такого центра при командующем всеми морскими силами Республики (Коморси), который в непрерывном контакте с действительностью принял бы на себя функции оперативно-административные, не отставая от революционной жизни. Мысль эта приняла конкретную форму в 1919 г., и именно в этом году, 3 июня, в виде такого центра явился сформированный Штаб командующего всеми морскими силами Республики (Штакоморси), в состав ко торого вошло Особое оперативное управление, предназначавшееся заме нить собой впоследствии Генмор»[865]
.Приказ РВСР о структуре морского ведомства за подписями Э. М. Склянского, И. И. Вацетиса и С. И. Аралова вышел в начале июня 1919 г.[866]
Он подводил итоги реорганизации, проведенной весной 1919 г. Согласно ему в состав управления флотом входили: МО РВСР, Управление техническо-хозяйственной частью морского ведомства, Уполномоченный РВСР в Петрограде. Все морские вооруженные силы (и крепости) подчинялись коморси. Эту должность занимал Е. А. Беренс. При коморси состоял Штаб. Наконец, управляющему морским комиссариатом (в это время упморкомом был Н. И. Игнатьев)[867] подчинялись все подразделения, не входившие в действующую армию. Упморком имел двух помощников – начальника МГШ и поморкома (помощник управляющего делами наркомата по техническо-хозяйственной части). При этом коморси и упморкому предоставлялись права МО РВСР по принадлежности.Е. А. Беренс и Н. И. Игнатьев в руководстве ведомством пришли на смену умершему В. М. Альтфатеру. Они возглавили флот Советской России в разгар Гражданской войны, но оба оказались на стороне красных, видимо, случайно.