В 1918 г. МГШ и центральный аппарат морского ведомства все больше замыкались в канцелярской работе, не имевшей прямого отношения к разгоравшейся Гражданской войне. Видимо, это было связано не только с логикой бюрократической работы ради самой работы, но и с тем, что офицеры штаба не горели желанием принимать участия в конфликте, который казался им братоубийственной междоусобицей. Перебои со связью, импровизированный характер речных флотилий, к которым трудно было применить рецепты «военно-морской науки», давал возможность генштабистам замкнуться в канцелярской «башне из слоновой кости» и дождаться результатов внутреннего конфликта в стране.
В 1919 г. наступил организационный хаос. Создание, а затем упразднение МО РВСР, реорганизация МГШ, которая едва была проведена, как тут же начала пересматриваться, создание штаба коморси, постоянные попытки сокращения штатов не способствовали продуктивной деятельности. Видимо, в результате этих событий МГШ потерял работоспособность, и на смену ему пришел Штаб коморси (впоследствии – Штаб всех морских сил Республики).
Если говорить об организации взаимодействия флота и сухопутной армии, то ее механизм в 1919 г. был, на первый взгляд, скопирован с дореволюционных образцов. ВМУ при ПШ РВСР, а затем и Штаб коморси стали аналогом МШС образца 1916 г. Однако в 1919 г. был сделан важный шаг, на который не решились за три года до этого: был взят курс на ликвидацию МГШ и превращение полевого органа – Штаба коморси, а позднее Штаба всех морских сил, в единый орган оперативного руководства. МГШ оставалось только одно: превратиться в орган управления тылом и постепенно исчезнуть.
Важно отметить, что, хотя формально МО РВСР был коллегиальным органом, в нем была установлена та степень единоначалия, которая только и была возможна в тогдашних вооруженных силах Советской России: МО РВСР состоял из фактического командующего ВМФ (В. М. Альтфатер) и комиссара при нем (Ф. Ф. Раскольников). В Красной Армии высшее военное руководство сохранило (хотя в значительной степени на бумаге) гораздо больше черт коллегиальности: в составе РВСР числилось по 10–15 человек. В конечном итоге во главе флота оказался один человек: командующий всеми морскими, речными и озерными силами Республики с комиссаром при нем. Штаб коморси слился с МГШ в Морской штаб Республики, чем была достигнута такая же степень единства управления ведомством, как и перед Первой мировой войной.
Постепенно в конце 1918–1919 гг. упорядочивается система управления флотами и флотилиями. Судовые комитеты были распущены, созданы РВС флотов и флотилий, в которых командующие играли главную роль, а «политические члены» – второстепенную.
В 1919 г. делаются попытки создать в морском ведомстве новые структуры, идея которых была заимствована в сухопутной армии. Речь идет о ВВМИ. Это был вполне дееспособный орган, возглавляемый опытным и авторитетным начальником С. В. Зарубаевым. Особых причин для ликвидации ВВМИ осенью 1919 г. не было, свою роль сыграло упразднение сухопутного аналога ВВМИ – ВВИ.
Можно отметить, что, когда при составлении организационных схем вставал вопрос о сокращении штатов и экономии, как правило, шли по пути ликвидации целых учреждений либо по пути соподчинения отдельных учреждений. В принципе возможен был и другой путь: сохранение организационной схемы при сокращении личного состава, однако такой путь выглядит менее эффектно в глазах руководства, а, кроме того, сокращение учреждений позволяет несколько сократить ставки руководителей подразделений.