Пост начальника Генерального штаба в тот период, когда Мольтке занял его, большого значения не имел. Никто с Мольтке не консультировался в период составления и осуществления армейских реформ, как и в начале войны с Данией в 1864 году. Командующим вооруженными силами Пруссии в начале этой кампании был 80-летний фельдмаршал фон Врангель, который уже водил их в бой в неудавшейся кампании 1848 года и чье здравомыслие внушало сомнения. Своим начальником штаба он назначил тоже некомпетентного генерала Фогеля фон Фалькенштейна. Рекомендации Мольтке о том, что датчан необходимо окружить и уничтожить на передовых позициях, не позволив им отойти на недоступные острова, были проигнорированы. Лишь после трехмесячных ни к чему не приведших сражений Фалькенштейн и Врангель были заменены на фон Мольтке и на племянника короля, человека, способного к принятию гибких решений и разбиравшегося в военных вопросах принца Фридриха Карла. После этого операции проводились умело, продуманно, что навсегда обеспечило фон Мольтке благосклонность короля. Но Мольтке предстояло приложить еще массу усилий, чтобы стать единственным и общепризнанным военным советником короля и, таким образом, теневым главнокомандующим вооруженными силами Пруссии во время войны. Его план кампании против Австрийской империи должен был быть ратифицирован неким военным советом, раскритиковавшим его. Предложенное фон Мольтке распределение сил было изменено по настоянию Бисмарка военным министерством ради обороны Рейнланда, и для поддержки первоначального плана фон Мольтке потребовалось личное вмешательство короля. Даже статус Мольтке как главного военного советника короля не способствовал повышению к нему доверия. «Почти 70-летний король во главе войск, – выразился один офицер, сын великого Бойена, – а рядом с ним этот убогий Мольтке. Ну, и каков будет результат?» Армейские командующие были на грани прямого неповиновения. Фогель фон Фалькенштейн, командуя войсками, наступавшими на Ганновер, презрев наставления Мольтке, впоследствии имел проблемы. Кронпринц, командуя продвинутой дальше остальных на восток одной из трех армий, силами которых
Мольтке запланировал вторгнуться в Чехию, изменил планы ради усиления обороны Силезии и таким образом нарушил практически весь план кампании. Фридрих Карл, продвигавшийся в центре, еле тащился, и в один прекрасный момент даже показалось, что командующий силами Австрийской империи Бенедек, воспользовавшись численным превосходством, вот-вот атакует силы кронпринца и разгромит пруссаков. Решение Мольтке вести армии отдельно друг от друга и объединить их только на поле битвы вызвало резкую критику большинства его коллег. В конце концов, когда австрийцы оказались в сложном положении, когда Фридрих Карл (1-я армия) с кронпринцем Фридрихом Вильгельмом (2-я армия) развернулись против правого фланга австрийцев, а Эльбская армия стала угрожать с тыла их левому, Фридрих Карл, вместо того, чтобы малыми силами сдержать противника, бросил все имеющиеся силы в явно преждевременное наступление, которое, окажись оно даже успешным, дало бы возможность австрийцам отойти на безопасное расстояние и не оказаться в клещах ловушки фон Мольтке. Посыльный Мольтке добрался до командующего резервным подразделением генерала фон Манштейна как раз вовремя. И тот произнес знаменитую фразу: «Все, кажется, в порядке. Но кто такой генерал фон Мольтке?» К вечеру австрийская армия была разбита, потеряв 24 000 человек убитыми и ранеными и 13 000 взятыми в плен. Больше подобных вопросов никто не задавал.
Реформа французской армии