Более щекотливую и сложную задачу приходилось ему решать на другой сухопутной границе королевства — там, где оно соприкасалось с Германией. Если бы Людовик IX обладал натурой завоевателя, ему ничего не стоило бы воспользоваться тем политическим хаосом, который господствовал в Арльском королевстве, и отодвинуть традиционную границу Франции за Сону и Рону. Ему достаточно было бы воспользоваться распрей между папством и империей, и особенно смутой, наступившей в Германии после смерти Фридриха II. Он не сделал этого и оставил эту благодарную задачу своему сыну и внуку, удовольствовавшись тем, что путем покупки графства Маконского приобрел позицию в Бургундии, и тем, что в Провансе водворилась капетингская династия. Он стремился не к тому, чтобы расширить свои владения, а к тому, чтобы водворять мир и распространять свое нравственное влияние. Да и это не всегда было легко.
Борьба не на жизнь, а на смерть между папой и императором сильно огорчала благочестивого короля. Он не мог отказаться ни от почтительной преданности, какую должен оказывать главе церкви всякий христианин, ни от чувства благодарности и сознания собственного интереса, которыми Франция была связана с Фридрихом II. Было бы вполне естественно, если бы Людовик Святой поддерживал папство против государя, благочестие которого подлежало сомнению, против друга сицилийских сарацин. Но отлученный император был союзником Людовика VIII, Бланки, затем их сына; его благожелательный нейтралитет облегчил капетингской династии ее борьбу с крупными феодалами и англичанами. И вот в 1239 г., когда папа Григорий IX обратился к французскому королю с просьбой о помощи против императора и предложил императорскую корону Роберту Артуа, Людовик отказался за своего брата от этого опасного подарка и занял строго нейтральное положение. При Иннокентии IV конфликт сделался более резким и соблюдение нейтралитета — более затруднительным. Людовик иногда вмешивался в борьбу, но лишь для того, чтобы умерить пыл противников и поддерживать равновесие между ними. Сначала он отказывается принять папу в свои владения и совершенно игнорирует низложение и отлучение императора. Позднее, когда Фридрих II задумывает поход на Лион и личности Иннокентия IV грозит опасность, Людовик IX готовится идти на помощь папе. Как истинный представитель феодального Средневековья, он считает обе эти власти необходимыми для христианского мира и не допускает, чтобы одна из них сокрушила другую. Поэтому он беспрестанно хлопочет об их примирении, особенно на съездах в Лионе и Клюни. Он желал мира — во-первых, из принципа, во-вторых, потому что считал его необходимым для осуществления своего великого плана: освобождения Гроба Господня.
Когда он вернулся из Иерусалима, борьба уже была закончена смертью одного из противников. Фридрих II умер: династия Гогенштауфенов, как и та опасная утопия, которую называли Римской империей германской нации, безвозвратно погибли. Отношения Людовика IX к Германии во время междуцарствия ограничивались прежде всего тем, что он не допустил исконного врага Франции, Плантагенета, овладеть наследием швабского дома. Между тем Ричард Корнуэльский добился избрания в императоры; но капетингское правительство не признало его и даже выставило против него конкурента, короля Кастилии Альфонса X. Настоящим наследником Гогенштауфенов была немецкая феодальная знать. Людовику IX оставалось только следить за процессом разложения, который проникал до глубочайших недр соседней нации. Он без единой битвы воспользовался последствиями Великого междуцарствия и по своим взглядам не желал идти далее.