Перуджиа, находившаяся в то время в апогее могущества и давно уже точившая зубы на Ассизи, поспешила откликнуться на этот призыв и воспользовалась случаем, чтобы объявить войну ассизцам. Произошло столкновение на равнине, лежащей как раз посредине между двумя городами. Ассизцы были побеждены, и Франциск, находившийся в рядах сражавшихся, был взят в плен вместе с другими своими согражданами.
Плен продолжался целый год, и во все это время Франциск поражал всех товарищей по несчастью своей необыкновенной веселостью. Он не проклинал судьбы и не жаловался, как они, а постоянно строил планы на будущее и охотно делился ими со всеми. Он постоянно мечтал о рыцарских подвигах и похождениях, во вкусе трубадуров, и не раз говаривал при этом: “Вот увидите, я еще буду важным господином (magnum principem), и весь мир мне будет поклоняться”. Этим словам, также как вышеприведенным словам матери Франциска, был придан впоследствии такой же пророческий смысл.
Во время плена Франциск содержался не с простыми воинами, а вместе со знатью, некоторые члены которой также принимали участие в восстании Ассизи. И вот тут Франциску пришлось претерпеть немало разочарований. Эта знатная молодежь, которою он всегда восхищался издали, вблизи оказалась ужасно мелочной и малодушной. Все ее напускное высокомерие, гордость и величие, действовавшие внушительным образом на простых смертных, исчезло в плену. Прожив с ними в тесном общении целый год, Франциск должен был убедиться в их душевной пустоте и тщеславии. Тем не менее он всегда старался утешать их, когда они оплакивали свою участь, и исполнял роль миротворца при ссорах их между собой. И тут он всегда принимал сторону обиженных и всячески стремился прекращать распри между товарищами по плену.
Наконец, между жителями Ассиза и победителями состоялось соглашение, на основании которого пленники были выпущены на свободу, и вместе с ними Франциск вернулся в Ассиз. Ему тогда исполнилось 22 года.
Вернувшись домой, Франциск принялся за прежний образ жизни и даже с еще большею страстностью бросился в вихрь наслаждений, как будто желая наверстать потерянное время. Это был непрерывный ряд всевозможных пиров и оргий, которые в конце концов подорвали силы Франциска, и он опасно заболел.
Долгие месяцы больной находился между жизнью и смертью, и близость последней, впервые испытанная Франциском, была, вероятно, причиной нравственного перелома, совершившегося в нем.
Однако в конце концов молодость восторжествовала над тяжким недугом, и Франциск начал выздоравливать. Но силы восстанавливались очень медленно, поэтому Франциск еще долго оставался как бы
Размышления эти были невеселого свойства. Франциск как-то не ощущал столь обычного для выздоравливающих радостного чувства возрождения к жизни; веселье, всегда характеризовавшее его, исчезло и заменилось каким-то унынием, более тяжелым, нежели упадок физических сил. Когда в его воображении проносились картины его прошлой жизни, какое-то чувство горечи наполняло его душу. Все ему казалось так пошло, так ничтожно, кругом него была такая пустота! у него не было ни настоящего дела, ни настоящей привязанности, которая бы наполняла его жизнь и делала ее привлекательной. Удовольствия и развлечения потеряли для него свою прелесть; в этом отношении он изведал все, испив чашу наслаждений до дна. И только теперь, пригвожденный к одру болезни, лишенный возможности принимать участие в круговороте жизни, он почувствовал, что душа его нe удовлетворена и что он только заглушал ее голос разгулом.
Такое нравственное состояние Франциска продолжалось и после его полного выздоровления, и он, конечно, искал из него выхода. Но где его найти? Религия, в том виде, в каком она практиковалась в окружавшем его обществе, в его семье и среди его друзей и знакомых, не могла доставить ему душевного удовлетворения. Это был грубый фетишизм, только называемый христианством, и чуткая душа Франциска понимала всю фальшь, заключавшуюся в таком исповедании христианской веры, а потому отворачивалась от него. Смутные стремления, овладевшие душой Франциска, однако, были недостаточны, чтобы указать ему новый путь, и потому он естественно вернулся на старый путь, ища забвения в новых подвигах и рыцарских похождениях.
Ему скоро представился случай осуществить свои мечты о славе. Один из ассизских рыцарей, быть может из тех, которые вместе с Франциском пробыли год в перуджийском плену, предложил ему отправиться вместе на юг Италии под начальство Готье де Бриенна, сражавшегося за дело папы Иннокентия III.
В то время Готье пользовался громкой репутацией во всей Италии. Его считали одним из самых благочестивых и храбрых рыцарей той эпохи, и, естественно, предложение отправиться к нему пришлось очень по вкусу Франциску. Сражаться рядом с таким рыцарем было великой честью, и Франциск был уверен, что он, совершив великие подвиги, покроет себя славой.