Второй причиной отдаления нашего героя от ордена стал курс на активное миссионерство в других странах. Эта идея пришла в голову Франциску после одной из его особенно удачных проповедей. Только чтобы воплотить ее практически, снова требовался талантливый организатор, а не поэт. А наш герой мог прекрасно вдохновлять, но совершенно не хотел думать о реальных трудностях, которые могли ожидать миссионеров. Например, он не учитывал того факта, что в разных странах встречаются совершенно разные обычаи и даже языки. Из-за этого случались досадные, а порой и весьма драматические неудачи. До нас дошли воспоминания одного из участников германской миссии — Джордана Джанского. Кода жители спросили францисканцев по-немецки, голодны ли они, те ответили
Не лучше встретили францисканцев и в степях Венгрии. Поначалу пастухи травили братьев собаками, кололи пиками, а иногда издевались, срывая с них одежду. Чтобы защитить себя, миссионеры придумали оригинальный выход: намазались коровьим пометом, и их перестали трогать из брезгливости.
Чуть лучше обстояло дело с францисканцами в романских странах, более близких Италии по языку и обычаям. Но и там возникали неудобные ситуации. Например, в Лангедоке, где едва закончился Крестовый поход против еретиков, их спросили, не альбигойцы ли они часом. Братья, не поняв этого слова, но привыкшие вести себя кротко и не спорить по пустякам, опять-таки ответили утвердительно. К счастью, их не стали ни убивать, ни сажать в тюрьму. Местный епископ решил вначале спросить о них у папы. В итоге благодаря неприятному инциденту рядовые братья заимели то, что не удалось получить самому Франциску, а именно — официальный документ от Святого престола, подтверждающий легитимность Братьев меньших. Проникшись сочувствием к незадачливым миссионерам, папа Гонорий III издал буллу от 11 июня 1219 года, обращенную ко всему духовенству, в которой признавал жизнь Франциска и его товарищей полностью благочестивой и призывал оказывать им всяческую помощь «ради славы Господа и почтения к нам».
Отправлялись францисканцы и в мусульманские страны. В Марокко, куда попасть Франциску помешала болезнь, ушли пятеро братьев. Все они погибли от рук мусульман и сподобились мученического венца, о котором так мечтал «беднячок» из Ассизи.
Еще одна «сарацинская» миссия была послана в Тунис, но христиане, проживающие там, попросили братьев прекратить проповедь. Они опасались нарушить хрупкое равновесие, которое сложилось между ними и мусульманским населением, поэтому францисканцев почти сразу по приезде посадили на корабль и отправили обратно.
Сам Франциск до поездки на Восток пытался отправиться с проповедью в свою любимую Францию, но по пути ему встретился кардинал Уголино и почему-то отговорил его от этой идеи.
Итак, к моменту путешествия отца-основателя на Восток в его ордене наблюдались разброд и шатание в прямом смысле слова. Ситуация усугублялась не только постоянным ростом количества братьев и их непрекращающимися перемещениями по городам и странам, но и несколько противоречивым стилем руководства Франциска. С одной стороны, он яростно до мелочей отстаивал свои идеалы, построенные на любимых им евангельских фрагментах и образах. С другой — не находил нужным ограничивать быт братьев слишком подробным регламентом. По обеим причинам возникало недовольство. Братья не выказывали его слишком открыто исключительно из любви к Франциску. Когда же он надолго, больше чем на полгода, покинул их, все противоречия выплыли, и ситуация резко обострилась.
Перед уходом Франциск оставил вместо себя трех братьев, разделив между ними обязанности. Один оставался в Порциункуле и следил за приемом новых кандидатов. Другой контролировал удаленные поселения. Третий, по имени Филипп, должен был заботиться о Нищих дамах.