В Праге Скорина, по всей вероятности, выступил в качестве переводчика и организатора книгопечатания. Непосредственно печатанием книг занимались местные мастера. Так, в послесловии к книге Есфири читаем: «Выложена працею и вытиснена повелением ученого мужа Франциска Скорины из славного града Полоцка, в науках и в лекарстве учителя» (3, 109). В Вильно же Скорине, по-видимому, пришлось совмещать роли организатора издательского дела и печатника. В частности, в послесловии к «Апостолу» он пишет: «Выложена и вытиснена працею и великою пильностью доктора Франциска Скорины с Полоцка» (там же, 152).
«Апостол» был последней изданной Скориной книгой. О дальнейшей его жизни и деятельности наряду с рядом достоверных фактов существуют гипотезы. К числу гипотез относится предположение некоторых исследователей о пребывании Скорины в 1525 г. в Виттенберге и о его встрече с Лютером (см. 32, XIII— XIV 33, 52), а также версия о поездке Скорины в конце 20-х — начале 30-х годов XVI в. в Москву и попытке наладить там книгопечатание на русском языке (см. 139, 211, 9, 48—50). Некоторые документальные данные свидетельствуют, что в середине 20-х годов XVI в. Скорина был приближенным виленского епископа, который, по-видимому, уже в это время пользовался его услугами как врача (36, 26). Документы говорят также о том, что в конце 20-х — начале 30-х годов Скорине пришлось столкнуться с целым рядом житейских неурядиц. Он начал судебный процесс с родственниками своей жены Маргариты по поводу имущества, доставшегося ей от первого мужа, «радцы» магистрата Вильно Юрия Одверника (см. 32, 47). В 1529 г. в Познани умер Иван, брат Скорины, и последний вынужден был приехать туда, чтобы попытаться уладить имущественные дела покойного (см. 172, 473—475. 21, XLVI—XLVII). К тому же в марте 1530 г. Вильно постигло большое бедствие: в результате пожара сгорели две трети города. Как полагает П. В. Владимиров, эти обстоятельства послужили причиной прекращения книгоиздательской деятельности Скорины (32, 66— 67).
Далее документально установлено, что в мае 1530 г. Скорина находился в Кёнигсберге в резиденции прусского герцога Альбрехта, энергичного последователя лютеровской Реформации. Конкретная цель пребывания Скорины в Кёнигсберге не совсем ясна, однако он был здесь принят как «муж выдающихся и больших знаний», «несравненного дарования и похвальной учености» (95, 221—226). Семейные, а возможно, и другие обстоятельства вынудили Скорину вскоре вернуться в Вильно. Он становится секретарем виленского епископа, выполняя одновременно обязанности домашнего врача. В 1532 г. Скорина вторично прибыл в Познань, теперь уже по делам своего патрона, виленского епископа. Этим воспользовались кредиторы его покойного брата и предъявили ему счет на 412 злотых. По их наущению Скорина был подвергнут тюремному заключению как несостоятельный должник. Выручил его племянник Роман, который выхлопотал у короля грамоту об освобождении Скорины из-под стражи. Вскоре состоялся суд, на котором Скорина, по-видимому, был оправдан (см. 172, 474).
В середине 30-х годов XVI в. Скорина покидает родину, теперь уже навсегда. Были ли личные неудачи основной причиной этого? Вряд ли. Скорее всего отъезд первопечатника был связан с тем, что его культурно-просветительская деятельность и его идеи не получили широкой общественной поддержки. Местом, где Скорина провел остаток жизни, была милая его сердцу Прага (см. 9, 54—59). Он работал здесь в королевском ботаническом саду. Умер Скорина около 1551 г.
С конца XVIII в. и вплоть до наших дней учеными обсуждается вопрос о конфессиональной принадлежности Скорины. Некоторые склонны считать его католиком. Существует также точка зрения о протестантском характере вероисповедания и деятельности Скорины. Первым, кто обвинил Скорину в «преступной связи» с Реформацией, были православные ортодоксы XVI в. Так, князь Андрей Курбский считал, что скорининская Библия «растленна», противоречит «всем апостольским и святым уставам» и во всем согласна с Библией Лютера (см. 128, 402—403. 119, 43—46). Униат Анастасий Селява называл Скорнну «гуситским еретиком», полагая, что его идеи послужили источником последующих реформационно-еретических учений в западном православии (см. 16, 717). В середине XIX в. с обоснованием этой точки зрения выступил Я. Ф. Головацкий. Тезис о правоверном православии Скорины отстаивал в своей фундаментальной работе П. В. Владимиров (см. 32, 45). Высказывалась также (М. С. Грушевским) точка зрения, согласно которой Скорина не был определенно связан с какой-либо религиозной доктриной (см. 53, 50—154).