Не менее интенсивно занимался он и организацией управления на завоеванных территориях. 24 июля Наполеон торжественно вошел в Каир. И с этого времени в течение трех лет над древними пирамидами Египта будут развеваться трехцветные знамена Французской республики, а жизнь египетской столицы — подчинена новому политическому режиму. Характеризуя организацию управления в завоеванной французами стране, академик Е. Тарле писал: «…во-первых, власть должна была быть сосредоточена в каждом городе, в каждом селении в руках французского начальника гарнизона; во-вторых, при этом начальнике должен находиться совещательный «диван» из назначенных им же наиболее именитых и состоятельных местных граждан; в-третьих, магометанская религия должна пользоваться полнейшим уважением, а мечети и духовенство — неприкосновенностью; в-четвертых, в Каире при самом главнокомандующем должен состоять тоже большой совещательный орган из представителей не только г. Каира, но и провинций. Сбор податей и налогов должен был быть упорядочен, доставка натурой должна быть так организована, чтобы страна содержала французскую армию за свой счет. Местные начальники со своими совещательными органами должны были организовать исправный полицейский порядок, охранять торговлю и частную собственность. Все земельные поборы, взимавшиеся беями-мамелюками, отменяются. Имения непокорных и продолжающих войну беев, бежавших к югу, отбираются во французскую казну.
Бонапарт и тут, как и в Италии, стремился покончить с феодальными отношениями, что было особенно удобно, так как именно мамелюки поддерживали военное сопротивление, и опереться на арабскую буржуазию и на арабов-землевладельцев; эксплуатируемых же арабской буржуазией феллахов он отнюдь не брал под защиту.
Все это должно было закрепить основы безусловной военной диктатуры, централизованной в его руках и обеспечивающей этот создаваемый им буржуазный порядок».
Но несмотря на все усилия французского главнокомандующего, он так и не вызвал расположения со стороны местного населения ни к себе, ни к своим товарищам по экспедиции. И, как писал А. Манфред, оказался в Египте «в социальном вакууме». Напуганные каирцы молча встретили завоевателя. Они ничего не слышали о Наполеоне, не понимали, кто он такой, для чего явился в их страну и почему воюет с ними. И хотя он даже издал специальное воззвание к египтянам, переведенное на местное наречие, с призывом к успокоению, ему не очень верили. Ведь это были лишь слова, а в действительности каирцы стали свидетелями расправ французов с местным населением. К примеру, по приказу Бонапарта было разграблено и сожжено село Алькам, жителей которого заподозрили в убийстве нескольких солдат. Но не только подобные карательные меры мешали найти ему общий язык с населением. Неприемлемым оказался сам подход Наполеона к жизненному укладу народов Востока. «Ошибка его состояла в том, — писал А. Ю. Щербаков, — что он мерил египетскую жизнь европейскими мерками. По той причине, что других он просто не знал. Конечно, восточные порядки казались европейцам дикими, власть мамелюков — деспотией, от которой те рады будут избавиться. А у арабов, как оказалось, были иные представления о жизни». В соответствии с ними далеко не все арабы были восхищены тем «освобождением от тирании мамелюков», о котором он постоянно говорил в своих воззваниях к египетскому народу.
Очень точно это положение, создавшееся в Египте с приходом французов, обрисовано А. Ю. Ивановым в его книге «Тайны египетской экспедиции Наполеона». «Вихрем ворвавшись в загадочный мир Востока, — пишет он, — Бонапарт затронул и нарушил связи настолько чужеродные и непонятные европейцу, что при ближайшем их рассмотрении тому становится не по себе». И далее уточняет, что этот молодой, 29-летний генерал Французской республики «во главе своей армии решительно потревожил периферию Оттоманской империи, вторгнувшись во владения египетских мамелюков».
В отличие от Наполеона, его враги англичане, по мнению Щербакова, «разобрались в психологии арабов гораздо лучше»: «Нахапав колоний по всему белу свету, они никогда не пытались захватить Египет. Предпочитая «влиять». Наполеона же опять подвело отсутствие стратегического мышления. Как оно будет подводить его во всех случаях, когда дело не будет сводиться лишь к военному разгрому неприятеля».