Помимо мер устрашения, революционные власти активно проводили военно-организационную работу. В Комитете общественного спасения ею занимались Карно, Ленде и Приёр (из Кот-д'Ор), которых называли «специалистами», в отличие от остальных членов Комитета — «политиков». В короткий срок были созданы новые мануфактуры для производства оружия, боеприпасов и снаряжения, налажено снабжение войск. Бесперебойное пополнение армий личным составом обеспечил декрет от 23 августа о массовом призыве новобранцев, фактически являвшийся законом о всеобщей воинской обязанности.
Энергичные усилия позволили якобинскому правительству в достаточно короткий срок переломить ситуацию. Уже в июле был подавлен «федералистский мятеж» в Нормандии, 25 августа — в Марселе. 9 октября правительственные войска штурмом взяли Лион, 16 октября без боя вступили в Бордо. Тулон пал 19 декабря после ожесточенных боев, в которых особо отличился артиллерийский офицер Наполеон Бонапарт. В декабре на правом берегу Луары были разгромлены основные силы вандейцев.
За военными победами над внутренними противниками следовали жестокие репрессии. После взятия Лиона Конвент постановил разрушить этот город. Под руководством депутатов Ж. М. Колло д'Эрбуа и Ж. Фуше многие здания были взорваны, две тысячи жителей казнены. В Нанте по приказу «проконсула» Ж.-Б. Каррье несколько тысяч людей были утоплены в Луаре. В Вандее карательные отряды — «адские колонны» генерала Тюрро — вырезали целые деревни, не щадя ни детей, ни женщин.
На внешних фронтах осенью 1793 г. непосредственная угроза Республике также была устранена. Французские войска под командованием Журдана и Карно отбросили силы коалиции на северо-востоке. Генералы Гош и Пишегрю нанесли ряд поражений пруссакам и австрийцам в Эльзасе. К концу года практически на всех направлениях, кроме пиренейского, армии Республики вытеснили врага с французской территории. В следующую кампанию они перенесли боевые действия уже на территорию неприятеля. Наиболее важной в 1794 г. стала победа армии Журдана над объединенными силами коалиции при Флерюсе 26 июня, после чего вся Бельгия перешла в руки французов.
С ослаблением внешней опасности обострились противоречия внутри революционного лагеря. Если в сентябре-октябре 1793 г. и Робеспьер, и ультралевые — руководители Коммуны Шометт и Эбер — вместе участвовали в разгроме «бешеных», которые вновь попытались оказать давление на власть, требуя дальнейшего ужесточения государственного контроля над экономикой, то уже в ноябре робеспьеристы и эбертисты заняли диаметрально противоположные позиции по вопросу об отношении к католицизму. Принятое Конвентом 5 октября нового, революционного календаря, призванного заменить прежний, связанный с христианским культом, ультралевые использовали как повод для начала «дехристианизации» — кампании против католической веры. В Париже это движение возглавила Коммуна. «Дехристианизаторы» закрывали католические храмы, принуждали священников к отречению от сана, глумились над христианскими святынями. В провинции такие же действия инспирировали некоторые из «проконсулов», например Фуше. Взамен католицизма ультралевые пытались насадить «культ Разума», предполагавший почитание Революции и «мучеников свободы» (Марата, Шалье и др.). Однако большинство Конвента крайне негативно отнеслось к их инициативе. В конце ноября — начале декабря против «дехристианизации» решительно выступили Робеспьер и Дантон, положив ей конец. Впрочем, между этими наиболее влиятельными лидерами якобинцев также существовали серьезные разногласия. С конца ноября Дантон, Демулен и их сторонники, получившие прозвище «снисходительных», развернули агитацию против продолжения террора, но встретили жесткий отпор со стороны робеспьеристов.
Прекращение террора ни в коей мере не входило в планы Робеспьера. Ещё в декабре 1793 г. он заявил о необходимости сформулировать позитивный идеал, к осуществлению которого должна привести Революция, а в феврале 1794 г. изложил своё видение этого идеала. Результатом Революции, по мнению Робеспьера, должно было стать общество нравственно совершенных людей, готовых безоговорочно жертвовать своими личными интересами ради общественных. Основным средством реализации этой этической утопии Робеспьер считал террор, которым надо очистить общество от нежелающих следовать требованиям добродетели. Видя в Революции проявление вечной борьбы добродетели и порока, он трактовал любые политические разногласия в категориях этики. По мнению Робеспьера, тот, кто не разделяет его стремления к «царству добродетели», — «нравственно испорченный», порочный человек, а значит — «контрреволюционер», подлежащий уничтожению. Именно таковыми он считал эбертистов и дантонистов.