Именно папство делает для школяров подобное дисциплинарное предписание, единолично рапоряжаясь привилегированным сословием. В 1207 г. Иннокентий III, найдя чрезмерным число профессоров теологии, единовластно свел его к восьми. Двумя годами позднее он позволил университету реформироваться самому. Некоторые молодые доктора искусств не боялись нарушать полученные предписания. Их упрекали в малопристойном внешнем виде, в несохранении традиционного порядка на уроках и диспутах, в абсолютном пренебрежении к обязательному присутствию на похоронах собратьев. Корпорация избрала восемь присяжных с поручением выработать нормы поведения, обязательные для всех магистров. Только один среди них отказался покориться и принести клятву. Его вывели из состава профессоров. Немного позднее он смирился, принес повинную и попросил о восстановлении. Но понадобилась булла Иннокентия III (1208-1209 гг.), чтобы позволить ему вернуться в сообщество. По столь активному вмешательству папской власти в мельчайшие детали университетской жизни можно судить о той роли, которую оно брало на себя в сложных обстоятельствах. Рим — могущественный покровитель, к которому прежде всего прибегают магистры и студенты, когда моральные и материальные интересы корпорации оказываются в опасности.
В 1210 г. Парижский университет пережил один из самых серьезных кризисов. То, чего опасались подозрительные умы и противники научного прогресса, произошло. Под сенью монастыря Богоматери в университет постепенно просочилась ересь. Магистр искусств, ставший теологом, Амальрик Венский, или Шартрский, открыто поучал, что каждый христианин есть частица Христа, а следовательно — часть Божества, и доходил до крайности в своем пантеизме. Теологи, верные ортодоксальному учению, взволновались. Амальрик, подвергшийся нападкам и осужденный всеми своими коллегами, по требованию университета, пожаловавшегося в Рим, вынужден был поехать объясняться с Папой. Иннокентий III, услыхав изложение его доктрины и противного мнения, которого придерживались посланники университета, в свою очередь осудил еретика. Последний возвращается в Париж, и там перед собравшимся университетом его принуждают отречься. Заболев от огорчения и унижения, он вскоре умер, внешне примирившись с Церковью. Но его идеи пережили его самого.
Пантеизм Амальрика Шартрского, распространяемый и развиваемый его учениками, положил начало новой религии, религии Святого Духа. Ветхий Завет был вытеснен Новым; но и время последнего миновало, и начинается воцарение Духа. Поскольку каждый христианин есть воплощение Святого Духа, частица Бога, таинства становятся не нужны, ибо достаточно милости Святого Духа, чтобы спасти весь мир. У этой доктрины, зародившейся в университетских теологических штудиях, были свои апостолы и мученики — университетские преподаватели. Ловкий маневр епископа Парижского и канцлера Филиппа Августа, брата Герена, привел к разоблачению этих сект. В них почти все были магистрами, студентами теологии, дьяконами или священниками. Одному из них, Давиду Динанскому, составившему учебник доктрины, удалось вовремя бежать. Другие же были схвачены и предстали перед судом на Парижском соборе под председательством Пьера де Корбея, архиепископа Сансского. У нас есть текст постановления, вынесенного собором 1210 г. Было решено вырыть и выбросить с церковного кладбища тело магистра Амальрика, основоположника ереси, а память о нем уничтожить во всех приходах провинции. Из задержанных сектантов одни будут отрешены от должности и переданы в руки светских властей, двенадцать из них сожгут 20 декабря на равнине Шампо, прочие будут осуждены на пожизненное заточение. Пощадили только женщин и простолюдинов — убогие души, виновные лишь в том, что попали под влияние теологов. Наказание распространилось и на книги. Записки магистра Давида Динанского были публично сожжены. От инцидента пострадал даже Аристотель — в школах университета было запрещено под страхом отлучения изучать его естественную философию и комментарии к ней Аверроэса. Наконец, собор постановил считать еретиками всех, у кого обнаружат «Символ веры» и «Отче наш» в переводе на французский язык.
Это наказание было полным разгромом и грубым предостережением рождающемуся университету. В средние века свобода преподавания, столь громко провозглашенная Папами, не являлась свободой вероисповедания в целом. Она заканчивалась на границе ортодоксии. Можно было открывать школы и широко дискутировать о различных вещах, но нельзя было публично касаться догмы; и нетерпимость шла здесь не только сверху, со стороны церковных властей. Сами профессора сторонились излишне храброго коллеги и требовали, чтобы он отрекся от своих убеждений. Они доносили на него не парижскому епископу (поскольку очень боялись, как бы епархия, местная власть, не вмешалась в их дела), но прямо Папе, к независимому суду которого обращались, когда речь шла о доктрине Церкви.