Биологическое не является лишь тканью, субстанцией, в которой психическое обретает свои специфические формы, оно насыщает всю речь Фрейда разнообразными Ссылками, метафорами, моделями, перспективами. Например, чтобы дать конкретное представление о психическом аппарате, где формируется система сознательного - бессознательного, непосредственно связанная с внешним миром, Фрейд в книге "По ту сторону принципа удовольствия" объединяет целый ряд элементов - раздражимость клеток, функция эмбриональных тканей, эктодерма, роль коры головного мозга - и предлагает модель, названную им "живым сгустком протоплазмы", поверхность которого, как он пишет, дифференцируется в результате ориентации на внешний мир. В той же работе, вновь обосновывая выработанное им с таким трудом положение о влечении к смерти, Фрейд использует тезис биолога-неодарвиниста Вейсмана, различающего смертное тело и бессмертную зародышевую плазму
Несколько обобщенных биологических гипотез подспудно или явно присутствуют во многих работах Фрейда. Как и его современники, он, несомненно, долго и глубоко размышлял над знаменитым биогенетическим законом Геккеля, согласно которому онтогенез наследует филогенез: каждый индивидуум в ходе своего онтогенетического развития проходит все этапы, которые в процессе филогенеза прошел вид. Дарвиновская теория эволюции пронизывает все исследования Фрейда, но он, так же как и Ференци, испытывает все возрастающий интерес к Ламарку. В- письме к Абрахаму от 11 ноября 1917 года он пишет: "Нашим намерением является познакомить Ламарка с нашей областью и показать, что его "необходимость", создающая и трансформирующая органы, является не чем иным, как воздействием бессознательного на само тело, признаки которого мы наблюдаем в истерии, короче говоря, "могущества мыслей". Конечная цель, таким образом, будет объяснена психоаналитически, и это станет завершением психоанализа". Попытка прибегнуть к финализму Ламарка с его знаменитым тезисом о том, что функция создает орган, чтобы завершить психоанализ, свидетельствует, несмотря на некоторую двусмысленность, об очень тесном родстве мысли Фрейда с биологизмом.
Биологизм (если обозначить этим термином биологические знания, основанные на некоторых элементарных постулатах, не поддающихся пока строгой проверке) предоставил Фрейду несколько выразительных указаний на природу человеческой сексуальности, являющуюся одной из основ его учения. Как мы отмечали, рассматривая работу "Трудности цивилизации", обретение человеком "вертикального положения" привело к нарушению или по крайней мере существенному изменению его сексуальности как биологического объекта. "Органическое торможение", коснувшееся не только "анальной эротики", но и "сексуальности в целом", повлияло на структуру последней и вызвало в человеке онтологические изменения, которые во многих работах (в том числе философских) рассматриваются как лежащие в основе его существа. В "Кратком курсе психоанализа" Фрейд для объяснения скрытого периода в развитии половой функции прибегает к понятию "двухфазного установления половой жизни". "Это явление наблюдается только у человека, и его роль в развитии человечества должна быть очень существенной". В примечании он уточняет: "Высказывается гипотеза, что человек происходит от млекопитающего, у которого половая зрелость наступала в возрасте 5 лет". Это замечание Фрейда скорее всего является отголоском концепций, выдвинутых голландским биологом Луи Болком (1866-1930) в работе "Проблема происхождения человека".
Сопоставление биологического строения человека со строением приматов позволило Болку охарактеризовать человеческий вид как подчиненный неотении, то есть сохраняющий и закрепляющий зародышевые черты своего предка-примата. Из этих данных он вывел "принцип запаздывания", одно из важнейших следствий которого заключается в том, что детство человека стало периодом длительной зависимости и особой уязвимости; благодаря этому, пишет Фрейд в "Кратком курсе...", стало возможным возникновение и становление основных психических структур.
Поскольку Фрейд, как мы уже отмечали, разделял научные традиции позитивизма второй половины XIX в., представленного такими фигурами, как, например, Брюкке, ему трудно было избежать видения даже в биологии действия физико-химических механизмов. Как мог исследователь, с энтузиазмом работавший с кокаином, не прельститься простым и эффективным химическим объяснением? Не это ли увлечение выразилось во всей своей наивности в первом сне "Толкования сновидений" - "инъекции, сделанной Ирме", когда в его конце, как завершение, венец долгого движения через игру слов, через пропилеи "пропила, пропилена... пропиловой кислоты"... перед взором спящего Фрейда возникла написанная "жирными символами" формула "триметиламина"!