Расхождения, имеющиеся в данных Биггса и приведенном выше списке, можно объяснить тем, что к моменту выхода флота в море в его составе произошли определенные изменения: вероятно, не все суда смогли отправиться в поход, да и численный состав участников экспедиции также мог измениться. В ходе плавания флот иногда пополнялся трофейными судами, тогда как часть судов, наоборот, покинула экспедицию (например, барк «Спидвелл» капитана Филиппа Спэрроу отбился от флота во время шторма в районе испанской гавани Байона и вынужден был вернуться в Англию).
Из списка капитанов видно, что вместе с Дрейком в антииспанский рейд отправлялись его родной брат Томас; сын Джона Хокинса — молодой Ричард Хокинс; знаменитый мореплаватель и первооткрыватель Мартин Фробишер, а также участники кругосветного плавания Дрейка — Том Мун, Джордж Фортескью, Джон Мартин и Эдвард Кэрлесс (последний был известен как один из лучших математиков и инженеров своего времени). Ряд источников называет среди участников похода также мастеров (шкиперов) Джона Гранта, Джона Хэмптона, Гриффита Херна, Абрахама Кендалла и Джона Ньюсома. В числе лейтенантов значились Томас Кейтс, Александр Старки, Томас Такер, Крофтс, Уотерхаус и другие. Капелланом экспедиции был Филипп Николс, переводчиком — некий Джонас.
Лишь два корабля из состава флота принадлежали короне — 600-тонный «Элизабет Бонавенчур» и 250-тонный «Эйд» (королева оценила их вместе со всем снаряжением в 10 тысяч фунтов стерлингов, но эта оценка представляется явно завышенной). Остальные суда были собственностью частных лиц. Граф Лейстер был владельцем 400-тонного «Галеона Лейстер» и, возможно, барка «Спидвелл». Часть судов принадлежала графу Шрусбери, лорду-адмиралу сэру Чарлзу Хоуарду и адмиралу сэру Уильяму Уинтеру. Джон Хокинс был владельцем четырех и совладельцем еще пяти судов. Дрейку принадлежали 200-тонный «Томас», а также небольшие суда «Фрэнсис», «Мэтью» и, по всей видимости, «Элизабет». Кроме того, вместе с Хокинсом он был совладельцем еще нескольких кораблей. Остальные судовладельцы были представлены купцами из Лондона и западных графств.
Инвесторы и высокие покровители Дрейка торопили его с отплытием, опасаясь, как бы королева в последний момент не передумала и не отменила задуманное предприятие. Лорд Берли, получив письмо Дрейка из Плимута, с плохо скрываемым нетерпением ответил ему, что хотел бы уже получить от него известия из какого-нибудь испанского порта.
О широком резонансе, который вызвала в английском обществе готовившаяся экспедиция, свидетельствует появление на свет поэмы Генри Робертса «Прощание с сэром Фрэнсисом Дрейком» («А Farewell to Sir Fraunces Drake», 1585), которую поэт посвятил адмиралу в связи с его отплытием в Новый Свет.
Когда снаряжение экспедиции подходило к концу, Дрейку сообщили о прибытии нежданного гостя. Им оказался сэр Филипп Сидней, племянник графа Лейстера и зять Уолсингема, к тому же новый фаворит королевы. Эта история была подробно описана Фалком Гревилом, другом Сиднея, но правдивость ее вызывает у исследователей сомнения. Сэр Филипп якобы объявил Дрейку, что, поскольку королева категорически запретила ему отправиться на войну в Нидерланды, он решил стяжать славу героя в морском предприятии.
«Не было печали, так черти накачали», — проворчал Дрейк, представив себе реакцию королевы на очередную выходку взбалмошного молодого повесы. Елизавета запросто могла заподозрить адмирала в сговоре с ее любимчиком и вообще отменить экспедицию. А если нет, то королевский фаворит мог легко потеснить Дрейка на посту командующего. В любом случае, необходимо было срочно предпринять контрмеры. В Лондон был отправлен гонец с письмами к Уолсингему и лорду Берли. Ответ королевы, как и следовало ожидать, оказался не в пользу сэра Филиппа. Посланец Елизаветы доставил из столицы сразу три письма: одно — для Дрейка, в котором адмиралу запрещалось брать в плавание Сиднея; другое — для Сиднея, приказывавшее ему вернуться ко двору; третье — мэру Плимута с приказом взять молодого искателя приключений под стражу, ежели тот ослушается монаршего приказа. Сидней не рискнул ослушаться. Дрейк вздохнул с облегчением.
12 сентября моряки и солдаты были спешно посажены на суда, в трюмах которых уже громоздились бочки и ящики с провиантом. Сохранившаяся опись продуктов упоминает о большом количестве говядины и свинины, сушеной рыбы, галет, муки, гороха, вина и пива, «не считая бекона, масла, сыра, меда, растительного масла, уксуса и ржи».