В начале октября Дрейку поручили новое задание. Он должен был возглавить эскадру из восьми кораблей, чтобы доставить подкрепления и военное снаряжение Лейстеру. Подробности этой экспедиции неизвестны. Адмирал, безусловно, посетил несколько голландских портов, где встречался с местными арматорами. Поскольку миссия Лейстера в Нидерландах не увенчалась успехом, Дрейк в начале декабря забрал его с собой в Лондон. Прибыв туда, сэр Фрэнсис просил членов Тайного совета выдать ему разрешение на снаряжение новой морской экспедиции, но получил вежливый отказ. Правительство как раз занималось решением судьбы Марии Стюарт, смертный приговор которой был подписан за день до прибытия Дрейка.
Между тем поступила информация о том, что в портах Пиренейского полуострова активизировалась подготовка морских сил, которые могли быть задействованы в войне против Англии. Дрейк просил правительство дать ему эскадру для проведения разведки в испанских и португальских водах. Однако советники королевы полагали, что флот должен нести службу у берегов Англии, пресекая военную контрабанду, идущую из балтийских портов в Испанию.
Ситуация изменилась кардинальным образом в конце 1586 года. 25 декабря, в день Рождества, было решено, что весь флот должен быть собран в Портсмуте к 20 марта 1587 года, «дабы мешать снабжению Испании». Одновременно представитель Адмиралтейства должен был сопроводить Лейстера в Нидерланды, где к указанной дате планировалось снарядить союзный голландский флот. Участие Дрейка в этом проекте до последнего момента хранилось в глубочайшем секрете.
8 февраля 1587 года шотландская королева Мария Стюарт взошла на эшафот в замке Фотерингей. Ее казнь была воспринята всем католическим миром как пощечина со стороны протестантов, и испанский король Филипп II решил ответить на этот вызов открытым применением военной силы. Его замысел состоял в том, чтобы снарядить огромный флот, высадить в Англии войска, низложить королеву Елизавету и, возведя на английский престол инфанту Изабеллу, вернуть англичан в лоно католической церкви.
На верфях Кадиса, Лиссабона, Барселоны и Неаполя ускоренными темпами шло строительство боевых и транспортных кораблей; отовсюду в порты стягивались отряды солдат; заготавливали военное снаряжение, оружие, боеприпасы и провиант. К весне 1587 года правительство Елизаветы уже всерьез опасалось, что вторжение испанцев не за горами.
В начале марта стало известно, что Дрейк собирается отправиться в Плимут, чтобы лично руководить снаряжением новой экспедиции. 18 марта между адмиралом и лондонскими купцами-авантюристами были подписаны статьи соглашения о правилах раздела будущей добычи: