Во главе отдельных эскадр находились флагманский галеон «Ривендж» (полковник сэр Фрэнсис Дрейк, лейтенант Томас Дрейк, капрал Йонг, капитан вахты Уэбб, главный мастер Т. Уэст), галеон «Нонпарел» (полковник сэр Джон Норрис, лейтенант Секвилл, капрал Сейер, капитан вахты Чэмпнолл, главный мастер Вигнол), галеон «Дредноут» (полковник и вице-адмирал Томас Феннер, лейтенант Гастон, капрал Бейкер, капитан вахты Джеффорд, главный мастер Беннет), галеон «Свифтшур» (полковник сэр Роджер Уильямс, лейтенант Горинг, капрал Майлз, капитан вахты Джордж Дрейк, главный мастер Роберт Харт), галеон «Форсайт» (полковник сэр Эдвард Норрис, лейтенант Уинтер, капрал Крисп, капитан вахты Норвуд, главный мастер Р. Талент). Шестым королевским кораблем был «Эйд», которым командовал контр-адмирал флота Уильям Феннер. В его задачу входило наблюдение за тем, чтобы все эскадры занимали в строю отведенное им место. Претендент на португальский престол дон Антониу, будучи духовным лицом, не командовал в этой экспедиции ни моряками, ни солдатами.
Согласно сообщениям испанских шпионов, отправленным королю Филиппу 11 апреля, незадолго до отплытия флота Дрейка в Плимутский порт прибыло из Лиссабона судно, на борту которого находился французский каторжник. Он долгое время служил на испанских галерах и был хорошо осведомлен о состоянии дел в Португалии. Француз рассказал руководителям экспедиции, что «в Лиссабоне очень мало солдат, в замке — не более 150 человек, и совсем мало — в других фортах, к тому же плохо обеспеченных артиллерией и другим необходимым вооружением». Эти известия вселили в англичан «большие надежды на успех в Португалии».
Противные ветры, однако, задержали выход экспедиции в море на две недели. Вынужденный простой, как всегда, обернулся ростом незапланированных расходов и сокращением запасов провианта. Джон Дрейк и Уильям Хокинс-младший были отправлены в корсарский рейд, и продажа захваченных ими призов позволила наскрести средства для закупки дополнительной провизии, однако радикально решить проблему обеспечения кораблей съестными припасами не удалось. Руководителям экспедиции пришлось сообщить о сложившейся ситуации правительству, но никакой реальной помощи из Лондона они не получили — одни лишь обещания.
Наконец ветер изменил направление и стал благоприятным для выхода в море. Дрейк решил больше не задерживаться в порту в ожидании обещанной провизии.
Перед отплытием он написал в Лондон небольшой отчет о состоянии дел на флоте. У Дрейка было около 20 тысяч людей, из которых он смог хорошо вооружить 16 тысяч; что касается провизии, то ее должно было хватить на месяц, а в лучшем случае на пять недель. «К концу месяца, — сообщал он, — в Испании и Португалии созреет урожай, на который мы весьма рассчитываем, однако в настоящее время 20 тысяч человек обеспечены весьма скудно». В то же время адмирал с гордостью подчеркнул: «Никогда еще не было армии, лучше организованной, чем эта, и не было большей надежды на успех; только бы Господь помог нам провиантом, в чем лично я не сомневаюсь».
Однако судьба уготовила Дрейку новое испытание. 13 апреля, едва флот покинул Плимутскую гавань, ветер резко переменился и кораблям пришлось возвращаться назад. Оба руководителя экспедиции едва не плакали от отчаяния. Ко всему прочему, им пришлось испытать шок от появления на флоте графа Эссекса — молодого фаворита стареющей королевы, который сбежал от кредиторов и праздного безделья при дворе, мечтая о ратной славе и испанском золоте. Граф спрятался на корабле «Свифтшур» сэра Роджера Уильямса. Следом за Эссексом из Лондона выехал сэр Фрэнсис Ноллис, получивший от Елизаветы приказ найти беглеца и вернуть назад. В Плимуте он не застал «Свифтшур» и, получив в свое распоряжение быстроходный пинас, отправился на поиски упомянутого судна. Не найдя его в открытом море, Ноллис вернулся в Плимут.
В это время граф Хантингтон — родственник королевы и ее близкий друг — нагрянул в порт со строжайшим предписанием арестовать Уильямса. Дрейк и Норрис были готовы содействовать королевскому посланнику в его намерениях, и сэр Фрэнсис Ноллис снова был отправлен в море на поиски «Свифтшура». Одновременно руководители экспедиции начали забрасывать Тайный совет письмами, жалуясь на острый дефицит продовольствия и невозможность дальнейшего содержания двадцати тысяч людей. Часть волонтеров была списана на берег, часть дезертировала. Елизавета, менее всего заинтересованная в срыве задуманного предприятия, распорядилась кормить солдат и моряков за счет казны до момента выхода экспедиции в море.