Среди гражданского населения Ростовской, Сталинградской и Ворошиловградской областей поздней осенью и зимой 1941/42 года вспыхнула эпидемия туляремии. Она получила значительное распространение в войсках Южного и Юго-Западного фронтов. Южному фронту потребовалось значительное время для того, чтобы распознать природу заболевания. Правильная диагностика была возможна только на основе изучения механизмов заражения. Во главе противоэпидемической службы фронта находился опытный специалист К. Ф. Акинфиев, который после окончания в 1916 году медицинского факультета Юрьевского университета работал в области бактериологии, гигиены и последние два года перед Великой Отечественной войной руководил кафедрой военной эпидемиологии во 2-м Московском медицинском институте. Службу в Советской Армии он закончил в 1949 году в звании генерал-майора медицинской службы, занимая должность начальника кафедры военной эпидемиологии Центрального института усовершенствования врачей в Москве.
Источником туляремийной инфекции оказались полевые и домашние мыши. Были установлены пути заражения: аэрогенный, алиментарный и водный. Аэрогенный путь заражения оказался доминирующим. Генерализованные формы заболевания преобладали. Это оказалось для всех нас большой новостью. Только после выявления этого пути заражения борьба с инфекцией стала более действенной. Были приняты меры предосторожности в использовании соломы как подстилочного материала. Для истребления грызунов был сформирован военно-санитарный противоэпидемический отряд, организована охрана от них пищевых продуктов и колодцев.
В течение второго года войны санитарно-эпидемиологическое состояние населения значительно ухудшилось. Заболеваемость сыпным тифом среди него возросла по сравнению с 1941 годом. Среди прибывших в запасные части пополнений количество заболеваний сыпным тифом также увеличилось. Возросло число инфекционных болезней, в том числе сыпного тифа и туляремии, и в войсках действующей армии.
Заслуживают внимания вспышки сыпного тифа в войсках бывшего Донского, впоследствии Центрального фронта и туляремии на Западном фронте. Бойцы и командиры Донского фронта от начала наступления под Сталинградом и до полного разгрома и пленения армии Паулюса находились в боевой обстановке, затруднявшей проведение гигиенических мероприятий. Кроме того, войска фронта пополнились за счет местного населения, среди которого были вшивость и заболевания сыпным тифом. Новобранцы, часто минуя запасные части, непосредственно вливались в войсковые подразделения в ходе боевых действий. Медицинская служба Донского фронта не придала этому должного значения. А следовало бы, как только позволила обстановка, немедленно приступить к санитарной обработке личного состава, к активному выявлению температурящих, осмотру и дезинсекции помещений, которые ранее были заняты немецкими войсками. Этого сделано не было. Вследствие допущенной ошибки в частях возникла вспышка сыпного тифа. Правда, она была быстро ликвидирована, но, к сожалению, не послужила уроком для медицинской службы в дальнейших наступательных операциях фронта. С переходом Красной Армии после Сталинградской битвы к наступательным операциям на широком фронте войсковые части все чаще и чаще прибегали к пополнению своих рядов за счет призыва местного населения со всеми вытекающими отсюда последствиями.
В войсках Западного фронта, занимавших оборону, вспыхнула вспышка туляремии, которая длилась до апреля 1943 года. Правда, с февраля заболеваемость резко снизилась. Но эта вспышка позволила окончательно установить исключительно большое значение полевых и домашних мышей в эпидемиологии туляремии, когда войска размещаются на территории с неубранным и необмолоченным хлебом. Мероприятия, проводившиеся медицинской службой фронта, были сразу же направлены на ограждение от грызунов блиндажей, землянок, источников водоснабжения и пищевых продуктов. Проводились большие работы по истреблению грызунов на территории расположения войск, в блиндажах в землянках, в ходах сообщения и окопах. Руководство медицинской службы фронта и, в частности, главный эпидемиолог Т. Т. Позывай проявили должную оперативность в борьбе с эпидемической вспышкой.
Начиная с третьего года войны инфекционная заболеваемость в частях действующей Красной Армии, исключая брюшной тиф, пошла на убыль.