Не считая возможным лично за себя отказываться от данного мне назначения, я, тем не менее, самым решительным образом опротестовал назначение М.В. Фрунзе и стал горячо доказывать необходимость назначения его на крупную руководящую роль, одновременно прося назначить меня при нем на любую должность. Со мной долго не соглашались, ссылаясь на то, что М.В. Фрунзе — штатский человек. Но в конце концов мне было заявлено, что наши уже намеченные назначения будут пересмотрены, и что ответ нам будет дан на следующий день.
И действительно, в 6 часов вечера на другой день нам было сообщено из РВСР по телефону, что просьба наша уважена и что М.В. Фрунзе назначается на Восточный фронт командующим 4-й армией, а я к нему начальником штаба. Приказ о назначении состоялся 26 декабря 1918 года, но выезжать на фронт нам было запрещено вплоть до выполнения округом срочных заданий».
Михаил Васильевич не сразу вступил в новую должность. Более месяца ему потребовалось для завершения работы и для сдачи дел в Ярославле. И только 31 января 1919 года он подписал приказ по 4-й армии в связи с вступлением в должность командующего и представил Ф.Ф. Новицкого в качестве начальника штаба этой армии.
Боевое состояние 4-й армии было не из лучших. Когда новый командующий 4-й армией М.В. Фрунзе в начале февраля 1919 года, прибыв в Уральск, назначил парад частям гарнизона, командир бригады 25-й дивизии И.М. Плясунков отказался выполнять этот приказ только потому, что не его бригаде была предоставлена честь идти в голове парадных колонн. За неповиновение командиру бригады был объявлен выговор.
Наказание И.М. Плясункова вызвало нездоровый резонанс среди командиров и в войсках. В ультимативной форме комбриг потребовал, чтобы М.В. Фрунзе явился для объяснения на собрание командиров бригады для объяснений. «Я, конечно, был против того, чтобы М.В. Фрунзе отправлялся на этот зов и настаивал на необходимости принять соответствующие меры в отношении забывших элементарные требования дисциплины, — позже вспоминал Ф.Ф. Новицкий. — М.В. Фрунзе посмотрел на дело иначе и в сопровождении своего адъютанта С.А. Сиротинского отправился на собрание».
Прибыв на собрание, командарм в резких выражениях отчитал И.М. Плясункова за срыв парада и строго предупредил его. Затем внимательно выслушал командиров и самого комбрига, а в заключении произнес речь, вызвавшую бурную реакцию присутствующих.
«Прежде всего, заявляю вам, — сказал он, — что я здесь не командующий армией. Командующий армией на таком собрании присутствовать не может и не должен. Я здесь — член Коммунистической партии. И вот от имени той партии, которая послала меня работать в армию, я подтверждаю вновь все свои замечания по поводу отмеченных мною недостатков в частях…
Ваши угрозы не испугали меня. Я — большевик. Царский суд дважды посылал меня на смерть, но не сумел заставить отказаться от моих убеждений. Здесь говорили, что я генерал. Да, генерал, но от царской каторги, от революции. Я безоружен и нахожусь здесь только со своим адъютантом. Я — в ваших руках. Вы можете сделать со мной все, что хотите. Но я твердо заявляю вам по поводу сегодняшнего вызова меня сюда как командующего, что в случае повторения подобных явлений буду карать самым беспощадным образом, вплоть до расстрела. Нарушая дисциплину, вы разрушаете армию. Советская власть этого не допустит».
На командный состав бригады, на самого «зачинщика» И.М. Плясункова встреча с М.В. Фрунзе, его страстное, убедительное слово оказали решающее влияние. В дальнейшем И.М. Плясунков стал дисциплинированным, ему поручалось командование Особой бригадой в операции по деблокированию Уральска летом 1919 года. За боевые подвиги Иван Михайлович Плясунков был награжден орденом Красного Знамени. Он погиб в бою с одним из отрядов восставших крестьян в апреле 1921 года.
«Вернувшись из мятежной бригады, М.В. Фрунзе заявил мне: "Да, действительно, хороши были бы вы в роли командарма…". Я понял, что во главе армии должен стоять не бывший военспец, тем более генерал, а человек с крупным политическим стажем и член партии», — позже писал Ф.Ф. Новицкий.
В то же время М.В. Фрунзе прикладывал все силы для наведения в войсках армии должного порядка. Он убедительно просил Центр, не отказываясь от проведения частных расследований, не вмешиваться в его работу, доверяя войскам 4-й армии. По этому поводу 6 февраля 1919 года он телеграфировал напрямую председателю ВЦИК Я.М. Свердлову: