РФС утратил ведущую роль и авторитет в системе управления футбольным хозяйством, что привело к потере системности и управляемости. В некоторых сегментах инициатива перехвачена коммерческими структурами, футбольными агентами и другими лицами, имеющими косвенное отношение к футболу.
При этом бизнес не торопится инвестировать во все сегменты футбольной индустрии: существующая нормативно-правовая база не предусматривает льгот и преференций для спонсоров и инвесторов при строительстве новых спортивных объектов. Все это ведет к разбалансировке системы и, как следствие, неустойчивому финансовому положению как самого РФС, так и субъектов футбольной индустрии: региональных федераций, профессиональных лиг и футбольных клубов.
Дополняет эту картину непрозрачность бюджетов футбольных клубов и их полная финансовая зависимость от спонсоров. Под угрозой находится непрерывность участия ряда клубов в первенстве России, а некоторые из них уже снялись с соревнований. По остаточному принципу финансируются детский и массовый футбол. Отчуждение широкого экспертного сообщества и болельщиков от принимаемых решений по развитию футбола приводит к неэффективности расходования ограниченных ресурсов отдельными субъектами футбола.
Более значимыми могли бы быть и спортивные результаты. Так, мужская олимпийская сборная команда с 1988 года не участвует в финальной стадии Олимпийских игр, а женская команда ни разу не участвовала в Олимпийском турнире. Национальная команда пропустила два цикла Чемпионата Мира (2006, 2010 гг.). На ранних стадиях происходит расставание российских клубов с Лигой Чемпионов. Это связано, кроме прочего, с тем, что сейчас сократились число футболистов, из которых тренеры сборных команд могут выбирать кандидатов в сборную. Клубы и их футбольные школы пока не могут составить серьезную конкуренцию уже готовым «импортным» футболистам из-за недостаточного количества высокопрофессиональных тренерско-преподавательских кадров, низкой обеспеченности футбольными полями требуемого качества и другими инфраструктурными объектами.