Наиболее распространенной является точка зрения о тюркских корнях в этногенезе гагаузов (конгломерат различных северотюркских кочевых племен, осевших на Балканах в XI–XIII вв.). К ее сторонникам относятся русский этнограф В. А. Мошков, а также современные российские и молдавские ученые (М. Н. Губогло, Н. А. Баскаков, С. С. Курогло, М. В. Маруневич и др.). Гипотезы о северотюркском происхождении гагаузов с выделением в нем роли протоболгарского компонента придерживается украинский ученый А. В. Шабашов и др. Некоторые болгарские историки (П. М. Мутафчиев, Стр. Димитров) также являлись сторонниками северотюркского происхождения гагаузов, уточняя значимость сохранения ими до настоящего времени тюркского языка процессом ретюркизации [Димитров, 1995, с. 153–155; 1996, с. 199–221]. В изданной болгарским историком Г. Атанасовым монографии научно аргументируется точка зрения о куманском происхождении гагаузов [Атанасов, 2010, с. 20–71]. Однако в довольно стройно изложенной в историческом отношении теории не затрагивается проблема глоттогенеза, без объяснения которой невозможно дать окончательный ответ о происхождении гагаузов.
Согласно исследованиям значительной части болгарских и некоторых советских ученых (И. Титоров, Е. Боев, И. Градешлиев, Ж. Стаменова, И. И. Мещерюк и др.), гагаузы – это отуреченные болгары, которые в результате османского господства утратили свой родной язык (т. е. болгарский), но сохранили свою веру (христианство). Точку зрения о том, что гагаузы – это остатки средневековых турок-сельджуков (турецкая теория), отстаивали Г. Баласчев, И. Димитров, В. Зайончковский, а также ряд турецких исследователей.
Выводы тюркологов (Н. К. Дмитриева, Л. А. Покровской, Н. А. Баскакова и др.) об огузском происхождении гагаузского языка ставят новые вопросы перед историками и требуют их комплексного рассмотрения.
Об имеющихся в турецком и гагаузском языках различиях говорят лингвисты. «Так, по классификации Н. А. Баскакова гагаузский язык, наряду с мертвыми печенежским и узским, входит в огузо-булгарскую подгруппу огузских языков, а современный турецкий, в свою очередь, в огузо-сельджукскую подгруппу. А. Н. Самойлович относит турецкий и гагаузский к западно-огузским языкам… Турецкий язык схож с гагаузским на уровнях фонологии, морфонологии, морфологии и лексики, но он не в такой степени подвергся влиянию индоевропейских языков. Близость турецкого и гагаузского языков позволяет выявить отличия структуры гагаузского языка от традиционной тюркской структуры и засвидетельствовать значительные изменения в гагаузском языке именно на уровне синтаксиса» [цит. по: Погуляева, 2019, с. 155–156].
По мнению болгарского профессора Н. Драговой, два основных довода в проблеме происхождения гагаузов до настоящего времени остаются чрезвычайно уязвимыми: «Сложно ответить сразу на два вопроса. Является ли их культура культурой отуреченных христиан? (Такое предположение представляется сомнительным ввиду структуры турецкого языка, сохраняющей в себе арабские реликты). Или это обращенное в христианство тюркоязычное меньшинство, отделенное от своего религиозного центра в условиях, когда действует наиболее сильный закон культуры – необходимость общения, приобщивший их к вере окружавших со всех сторон христианских народов? (Данная гипотеза также уязвима, поскольку представляет собой обобщение представлений без конкретных исторических доказательств такого отделения, без проникновения в предполагаемый глубинный процесс, в котором происходит становление феномена)» [Драгова, 2012, с. 359].
Этногенез гагаузов отражает сложность и длительность их формирования как отдельной этнической общности, несмотря на то, что первое упоминание о них относится лишь к первой половине XIX в. Ставить вопрос о времени принятия гагаузами христианства преждевременно, пока не решена проблема этногенеза гагаузов. Несмотря на то, что упомянутые гипотезы являются совершенно противоположными, но у каждой из них имеются свои «за» и «против».
В происхождении культуры гагаузов (в культурогенезе) также много загадок. Анализ основных компонентов традиционной духовной культуры гагаузов (календарной и семейной обрядности, народной медицины, обычного права, песенного фольклора, апокрифических текстов и др.), проведенный нами в ряде монографий [Квилинкова, 2002а, 2005а, 2007а, 2010-2017а, 2020а], свидетельствует о том, что она далека от идеальной целостности.