Таким образом, свершилась полная замена лиц на ключевых должностях — на них, наконец, оказались те люди, которым император мог полностью доверять. Следующим шагом была подготовка массированного наступления против персов: Филиппик должен был войти с войсками в Армению, а сам император вместе со своим братом Феодором намеревался встать на пути врага в Сирии.
В крупной битве под стенами Антиохии в 613 году византийцы потерпели поражение, и персы вскоре после этого заняли Дамаск. Другой их корпус сумел форсировать Кавказский хребет и занял Киликию. А на севере Филиппик вынужден был отступить из Армении.
614 год потряс весь христианский мир. В апреле персы подошли к Иерусалиму и после трехнедельной осады взяли город. Три дня в городе продолжалась кровавая бойня. Жертвами ее пали около 60 000 христиан, а около 40 000 были угнаны в рабство. Было сожжено множество прекрасных храмов, в их числе и построенная Константином Великим базилика Гроба Господня. И в довершение всего захватчики вывезли из города одну из наиболее почитаемых в течение полутора столетий реликвий — Древо Креста Господня.
В следующем году персы прошли через всю Малую Азию и встали лагерем вблизи от Халкидона — прямо напротив столицы, как и за несколько лет до этого. В конце концов персы отступили, но при этом вероломно увели с собой послов, отправленных к ним на переговоры императором.
Таким образом, первые пять лет правления Ираклия были сплошной полосой катастроф, и не только на Востоке.
Большая часть Балканского полуострова, от Дуная до Пелопоннеса, была занята славянами — они даже сумели переправиться на Крит. Славяне прочно обосновались на землях на Адриатическом побережье, расселились группами в разных районах Греции. Избегли этого нашествия лишь некоторые города, и среди них современные Салоники. Орды этих захватчиков добирались даже до самого Константинополя, которому к тому же то и дело угрожали авары с союзными им племенами. Местное население вынуждено было спасаться на островах и за стенами городов.
И вот в эти тяжелые годы, когда ни один месяц не проходил без печальных вестей о поражениях и новых нападениях, император, проявив поразительную стойкость духа, сначала занялся тем, что счел наиважнейшим условием для спасения государства — реформой армии и администрации. Придя к выводу, что только это может остановить развал экономики, бессилие в управлении и разложение армии, он, не отвлекаясь ни на что другое, стал последовательно реализовывать свой план.
Очень скоро в некоторых регионах, особенно на территории Малой Азии, стала вводиться новая военно-административная система. Там было ликвидировано старое деление на провинции и управлявший ими чиновничий аппарат, а вместо этого создавались так называемые фемы. Это были крупные округа (один из них, в Малой Азии, получил название Анатоликон), на территориях которых расселяли воинов, порой даже чужеродного происхождения. Взамен за обязательство нести воинскую службу им выделялись земельные наделы с правом их передачи по наследству. Во главе каждой фемы стоял стратиг. Таким образом, для замены дорогостоящих и весьма ненадежных отрядов наемников создавались резервы, из которых при необходимости можно было набирать рекрутов, и четкая система их мобилизации. Постепенно фемы создавались и в других регионах. Они стали основным элементом государственной структуры на несколько последующих столетий.
Перестраивалась и центральная администрация. Исчезла должность префекта претория, которая до сих пор была ключевой, но полностью забюрократизированной. Зато финансовое ведомство было расширено, и во главе его важнейших отделов были поставлены чиновники очень высокого ранга, получившие титулы логофетов.
Казалось, что весь мир вокруг рушится, а Ираклий никак не реагирует ни на донесения, ни на отчаянные призывы о помощи. Вместо того чтобы вести армию в поход, он сидит в своей столице и занимается на первый взгляд совершенно несвоевременными делами. И наконец настал день 5 апреля 622 года, пасхальный понедельник, когда император после торжественных богослужений покинул Константинополь, переправился на азиатский берег Босфора и отправился воевать с персами. Именно их Ираклий в тот момент считал самым опасным противником, а от аваров он откупился, выплатив их кагану огромную дань.
Император отправился в Армению и на Кавказ через Малую Азию, частично уже захваченную персами. Осенью того же 622 года Ираклий одержал первую победу. И в последующие годы он продолжал совершать военные походы в этом направлении.