Уже 29 октября 1941 года за подписью «Верховного вождя генерала армии» (так в тексте) Сикорского была издана под грифом «Строго секретно» «Организационная инструкция N1 Командующему польской армией в России». Документ разъяснял как на практике использовать разрешенную советской стороной разведдеятельность польского эмигрантского правительства на оккупированной немцами территории СССР. Инструкция предлагала план развертывания агентурной сети и создания ряда резидентур разведки польского эмигрантского правительства на оккупированных территориях СССР. Аналогичные разъяснения давались в инструкции и в отношении подобной деятельности на оккупированной немцами родине (созданного немцами так нназываемого Польского генерал-губернаторства). Связь с центром в Лондоне или со штабом армии Андерса в Чкаловской области должна была осуществляться с помощью радио, курьеров или путем заброски в Польшу связников и агентуры самолетами Великобритании (а в случае отсутствия такой возможности - и советской авиацией). Андерсу по вопросам разведывательной деятельности рекомендовалось консультироваться с послом Котом (что не удивительно, поскольку последний имел опыт оперативной работы, возглавляя ранее министерство внутренних дел, ведавшее также деятельностью спецслужб).
Инструкция помимо германского направления работы содержала положения явно антисоветского характера. Например, предлагался план выхода агентурно-оперативной деятельности польской разведки за пределы зоны, согласованной с советской стороной, и распространение ее на всю территорию Советского Союза вплоть до Дальнего Востока. Предполагалась деятельность польских спецслужб на «Востоке» (СССР) сохранить и после освобождения Польши. Особое внимание командующего армией, ее штаба и разведотдела обращалось на опасность внедрения агентуры органов НКВД в польские армейские и разведывательные структуры, расшифровки их источников информации, легенд прикрытия курьеров и т.д. Польским разведчикам и их агентам на «освояемых» ими территориях категорически запрещались какие-либо контакты с представителями советских спецслужб. (Не странно ли, что в этом документе «союзника» ни слова не говорится об опасности спецслужб противника, например, абвера или гестапо.)
Генерал Сикорский возлагал на командующего армией ответственность за посредничество в обмене информацией по указанным выше каналам эмигрантского центра (Лондон) и вооруженного подполья (Польша) в лице так называемой организации «Союз вооруженной борьбы» (СВБ). Организация возникла в 1939 году и в 1942 году была преобразована в Армию Крайову. Сама структура СВБ свидетельствовала о направленности борьбы на два фронта: в подчинении у командующего организацией находились командиры «области немецкой оккупации» и «области советской оккупации». Генерал Андерс также должен был обеспечивать доставку в СВБ кадрового пополнения, финансовой и материальной помощи. При этом разведчиков, диверсантов, оружие и боеприпасы предусматривалось готовить для СВБ в Великобритании.
Инструкция предписывала также командованию польской армии в СССР сбор у своих офицеров, функционировавших ранее в качестве членов СВБ на родине, информации о степени проникновения советских спецслужб в эту организацию (Секреты польской политики. 1935-1945 гг. Рассекреченные документы Службы внешней разведки РФ. Рипол классик, М., 2010., сс.. 407-429).
И генерал Андерс не замедлил руководствоваться инструкцией. «